蘇聯考慮的是，英法與波羅的海三國有着良好關系，一旦英法取勝，蘇聯與德國勢力範圍的劃分協議将沒有價值，蘇聯如根據蘇德協議對波羅的海三國采取行動，英法将視為敵對性行動而出兵幹涉；而且蘇聯在波羅的海地區的政策隻是區域性的，應服從全局需要。
為此，莫斯科當局嚴禁軍政領導人幹涉波羅的海國家的内政。
1939年10月14日，莫洛托夫緻電駐考納斯全權代表：“必須禁止同左翼團體的一切來往，隻能和政府、官方團體保持聯系。
”10月23日，莫洛托夫向駐塔林的全權代表，也發出了同樣的指示：“你們應當明白，不能出現幹涉愛沙尼亞内部事務的任何舉動。
”10月25日，國防人民委員會就紅軍進駐問題發布命令，要求全體官兵“在任何情況下都不幹涉三國内政”，稱“關于波羅的海國家實行‘蘇維埃化’的議論與我們的政策是根本矛盾的，毫無疑問，這是一種挑釁言論……如果軍人中存在這種‘蘇維埃化’的情緒和言論，就應當徹底清除，今後必須毫不留情地予以制止”。
三國相繼被兼并
1940年5月10日，德軍入侵荷蘭、比利時、盧森堡和法國。盧、荷、比很快淪陷；英法軍隊連連受挫，在敦刻爾克面臨絕境。
斯大林見德軍順利西進，英法自身難保，就立刻變臉，開始改變過去信守“互助”條約的政策，轉而準備吞并波羅的海三國。
在他眼裡，《憲法》就是一本書，條約就是一張紙，想怎麼寫就怎麼寫，想怎麼改就怎麼改。
5月25日，蘇方聲稱，“在立陶宛政府機關的庇護下”，出現紅軍戰士失蹤事件，蘇方照會立陶宛政府立即停止挑釁，否則蘇聯将采取特别措施。
立陶宛政府為了止息蘇聯的憤怒，于第二天答複要“立即進行詳細調查”，并成立了調查委員會。
但是，莫斯科當局醉翁之意不在酒，繼續促使沖突升級，并堅決拒絕與立陶宛調查機關進行任何合作。
立陶宛方面為防止事态進一步發展，一面表示“衷心歡迎莫斯科當局對查明事件所提出的一切要求”，一面進行了一系列逮捕，并加強對蘇軍駐地附近居民的監視。
立陶宛總理和外長先後赴莫斯科與蘇方會談，力争