美菲聯軍與日軍展開激烈的山地戰、叢林戰和陣地戰。
在交戰中，木村支隊被圍，前來救援的日軍被殲一個大隊。
至月底，日軍因傷亡嚴重喪失攻擊力，被迫轉入防禦，戰局一度陷入膠着狀态。
此時，首相東條英機、參謀總長杉山元已對本間雅晴的指揮能力産生懷疑，甚至要撤他的職，隻是因為天皇認為臨陣換将不妥才未執行。
其實，日本人不知道，他們離又一次戰術上的勝利為期不遠。
美菲聯軍已使出了吃奶的力氣，甚至動用了童子軍，也未能打敗日軍。
除了巴丹半島和科雷希多島，美菲聯軍已無路可退。
麥克阿瑟幾乎要拿父親留下的手槍自殺，與菲律賓人民共存亡了。
但是，羅斯福在1942年2月8日以國家名義，命令麥克阿瑟及其家屬撤離菲律賓。
2月22日和23日，羅斯福和馬歇爾連續給麥克阿瑟發電，允諾讓他到澳大利亞去指揮盟軍反攻。
3月11日晚，麥克阿瑟無奈溜走。
離開菲律賓之前，他發誓“我還要回來”，留守的美菲聯軍改由溫賴特少将指揮。
日軍控制菲律賓
為了徹底消滅殘餘美菲聯軍部隊，日軍大本營調動在上海待命的第4師團增援本間雅晴。4月3日，日軍以第4師團、第65旅團為主力對巴丹半島再次發起進攻。
雙方在叢林中展開殊死較量。
美菲聯軍既無援兵又缺補給，在日軍猛烈攻擊下，巴丹半島美菲守軍7.5萬人（其中美軍9300人）于4月9日投降。
日軍攻占巴丹半島後，再向科雷希多島連續實施炮擊和轟炸。
5月2日，日軍對科雷希多島實施火力準備，5日在炮火掩護下分左右兩路登陸，對島上要塞發起攻擊。
1.5萬名美菲聯軍依托坑道工事抗擊日軍，并組織敢死隊與日軍展開白刃戰。
6日，日軍後續部隊投入戰鬥，溫賴特被迫請求投降，并于次日通過馬尼拉廣播電台命令所有美菲軍隊投降。
7日，日軍占領科雷希多島。
10日，駐棉蘭老島和北呂宋山區的美軍投降。
18日