參謀長草鹿龍之介（山本推薦給南雲的參謀）認為應先清理甲闆，讓第一波飛機降落，再組織攻擊。
可是，這還來得及嗎？于是“飛龍”号航母上的第二航母艦隊司令山口多聞海軍少将向南雲建議：“我認為應立即命令攻擊部隊起飛。
”這一建議是正确的，雖然出擊的飛機将失去戰鬥機護航，但也比等着挨揍強。
山口多聞是日本海軍中公認的幹才，很可能成為山本的繼任，南雲一直深深嫉恨他，因此不願聽從他的意見。
最終，南雲聽從了草鹿的意見，決定把攻擊時間推遲，首先收回空襲中途島和攔截美軍轟炸機的飛機，然後重新組織部隊進攻美軍特混艦隊。
美軍點兒真背
8時37分，日艦開始接收飛機着艦，返航的飛機相繼降落在4艘航空母艦飛行甲闆上。9時18分，全部飛機降落完畢。
50架戰鬥機加油完畢，立即起飛在艦隊上空巡邏。
南雲命令艦隊以30節的航速向北航行，以避開再來攻擊的美機，準備全力進攻美軍特混艦隊。
還沒等他進攻呢，美機先來了！9時25分，一隊由“大黃蜂”号起飛的15架“複仇者”式魚雷轟炸機編隊發現了南雲艦隊，立即實施攻擊。
不幸的是，魚雷機速度太低，又沒有戰鬥機護航，而且它們的燃油即将耗盡，在這場自殺式攻擊中，被日軍零式戰鬥機和高射炮全部擊落，30名飛行員除一人生還外全部遇難。
9時30分，從“企業”号、“約克城”号起飛的28架美軍戰機尾随而來，向“蒼龍”号和“飛龍”号展開攻擊。
在日軍戰機的兇猛阻攔下，有9架美機還沒來得及投下魚雷就被擊落，其餘投下魚雷的也無一命中。
美軍損失了20架魚雷轟炸機。
這還沒完，幾分鐘後，從“企業”号起飛的美軍12架魚雷機在6架戰鬥機的掩護下，也飛臨日艦上空，發起進攻，經過激烈空戰，美軍損失15架飛機，仍未獲戰果。
日本軍艦上頻繁響起日軍士兵狂呼“半在”（萬歲）的聲音，“皇軍”真是“武運長久”啊！