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他們還打破了因明和内明的界限，好像兩者理論完全相同。
其實嚴格說來，這是可以商量的。
如在《佛地經論》裡便明白指出因明和内明之解自相、共相各有其不同的說法，不應淆混。
宗喀巴的弟子們對於西藏傳譯的因明論書，多重加探讨，并做了注解。
像賈曹傑就對陳那、法稱的各種論書大半有比較簡要的注解，而且貫串着「因明具備解脫道次」的主張。
他給《量評釋論》頌本作注解和撮要，即以「闡明解脫道」為書名，同時也明白表示和薩迦派不同的見解，特别是表現在對於印度各家說法的取舍上。
他又對薩班所着的《正理藏論》作注以自申其說（此注收在拉蔔楞寺版《賈曹傑全集》第四帙）。
從此以後，格魯派的因明研究，即專以宗喀巴師弟之說為宗，而很少進展。
另外，在西藏的因明研究中，還存在着一些根本欠缺。
像陳那的因明理論，其初成型於《正理門論》，後來才擴充為《集量論》，故從學說源流上說，《理門論》也很為重要。
但它的梵本早就失傳，以緻重視因明的薩迦派雖從第三代祖師名稱幢（Grag-pargya-mtshan,1147-1216）起即注意此書，而他和後來的教童（Stongshun）卻一再誤認天主（陳那門人）的《入正理論》，以為即是《理門論》，并還改動作者天主的名字為陳那，由此輾轉訛傳，再沒有人能糾正其失。
實際《入論》和《理門》固然詳略懸殊，而且釋義也有出入，如根據《入論》來談陳那之學，即難免有本末倒置之病。
其次，陳那、法稱的理論有處和經部相關。
經部着作現在沒有整部的傳本，隻在别種書中引用它一些片段。
其比較引文豐富而較有系統的要推《順正理論》，本來可以利用，可惜西藏隻翻譯了它的略本《顯宗論》，其中有關經部議論之處，早已删除無餘。
因此，西藏因明中關於經部之說都隻局限於注家零星的傳述，不能博引以使研究更深入一步（還有因明論中關於印度各派哲學之說，藏文資料也很不完備，同樣有此缺憾）。
這些是西藏因明的欠缺，不可不知。