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二，明約用差别。
三，明用不違體。
今初。
次明第三在障出障之義。
問曰：既言真如法身，平等無二，何得論在障出障，有垢無垢之異耶？答曰：若論心體平等，實無障與不障，不論垢與不垢。
若就染淨二性，亦複體融一味，不相妨礙。
此第三科，乃重就初科中法身在障出障，及第二科有垢無垢之文，明其所以也。
又前第二科，是就法身之名别，以明其一而異。
今第三科，是就在出之真體，以明其異而一。
會得此兩大科道理，則于藏體一異，圓融無礙之旨趣，便可洞然明白。
或問：當文雲在障出障之義，而科目雲在障出障之理，敢問義理二字，通别如何？須知義理皆名下之诠，然有相可指曰義，無相可指曰理，此其别也。
克實言之，義相乃顯理體，理體必具義相，故言理言義，皆無不可，此其通也。
所謂障者何物耶？我輩凡夫，正在障中，若不先知障之名相，雲何修斷。
在前雖已略說，今更為詳言之。
障有三種：一煩惱障。
二業障。
三報障。
煩惱障亦名惑障，即是妄想。
在菩薩有無明惑，即根本無明是也，能障中道實相理谛。
在二乘有塵沙惑，能障化道，謂不能通達多如塵沙之法門，而自在教化也。
塵沙約法門言。
若約惑體，則唯一劣慧而已。
在凡夫有見思惑，即枝末無明。
貪瞋癡等，由倒想起，名為思惑。
身邊等見，由邪見起，名為見惑。
此見思惑，能障自心真空之理，能造善與不善及不動之業，能成分段生死。
分段者，凡夫正報，有分段差異，《唯識論》曰“身命長短，各有定限”是也。
若斷見思二惑，便了生死而離三界，此即二乘所證之涅槃。
又見、思惑，二乘通斷，名為通惑。
無明、塵沙，名為别惑。
别惑雖二乘未斷，至菩薩位，乃斷塵沙。
金剛道後，方斷無明。
業障者，在菩薩為二邊業，即非漏非無漏業。
漏者，漏落于生死輪回也。
謂非如凡夫之漏于分段生死，亦非如二乘之住于偏空涅槃，即不住生死不住涅槃之意。
此業能感實報莊嚴土。
在二乘為無漏業。
二乘已離分段生死，但有變易生死，故曰無漏。
變易者，謂二乘聖人，色形壽命随意生滅，微細變易，亦名為意生身。
是故變易本非生死，因其随意生滅，是無常法，故名為生死耳。
此業能感方便有餘土。
在凡夫為善業，則感三善道；為惡業，則感三惡道；為不動業（即界内，禅定），則感色無色等天也。
報障者，在菩薩正報為勝妙身（随類應現，神化殊妙），依報為實報土。
在二乘正報為意生身，依報為方便土。
在凡夫正報為五陰分段之幻身，依報為凡聖同居之穢土。
業報二障中，凡夫業報，未出生死輪回，名之為障，其義易知；若菩薩二乘之業報，則因其未證佛果，未居常寂光土，故皆稱為障也。
此惑業報三種障，非忏悔不能除。
而真實忏悔，須念實相。
欲證實相，須修止觀。
蓋由體真止入空觀，能破見思惑，空善惡不動業，了分段報；由方便随緣止入假觀，能破塵沙惑，空無漏業，脫變易報；由息二邊分别止入中道觀，能破無明惑，融二邊業，而知虛狀果報，不生不滅，唯是一心，體證真如也。
下“約用差别”中，明真如在障出障，由于染熏淨熏，須知修習止觀，即是淨熏令起淨用之無上法門耳。
他如淨土宗之念佛，不起雜念止也，字字分明觀也；禅宗之看話頭，不可用心意識參止也，又不可堕入無事甲裡觀也。
豈有一法，能出止觀者哉！
文中問意可知。
答謂就心體言，一切平等，實無障垢與否之可說；即就性用言，雖有染淨二名，實則原同一體，融成一味，并無差别。
“不相妨礙”者，差即無差之意。
（未）二，明約用差别。
但就染性依熏起故，有障垢之名。
此義雲何？謂以染業熏于真心違性故，性依熏力，起種種染用。
以此染用，違隐真如順用之照性故，即說此違用之暗，以為能障，亦名為垢。
此之垢用，不離真體故，所以即名真如心，為在障法身，亦名為有垢真如。
若以淨業熏于真心順性故，性依熏力，起種種淨用，能除染用之垢。
以此淨用，順顯真心體照之明性故，即說此順用之照，以為圓覺大智，亦即名大淨波羅蜜。
然此淨用，不離真體故，所以即名真心，為出障法身，亦名無垢真如。
以是義故，若總據一切凡聖，以論出障在障之義，即真如法身，于一時中并具在障出障二用；若别據一一凡聖，以論在障出障之義，即真如法身，始終方具在障出障二事也。
初中句，“染性”二字，宜依宗圓記，改作“二性”，或作“染淨”，于文相方合。
因其下“此義雲何”句，是承上啟下。
而下文則兼明染淨。
由此例知此句，必為總标之詞也。
“有障垢之名”句文略，如雲“有在障出障有垢無垢之名”，則意義顯明矣。
“染業”即無明種子等。
“違性”者，違于清淨自性。
染業皆