将其擊敗。
二十一日，倭寇侵犯溫州。
夏四月初一，朱翊鈞告谕禮部，要倡導百姓及時耕種農桑，不要遊手好閑。
初七，甯夏土軍馬景殺害參将許汝繼，巡撫都禦史晉應槐領兵對其讨伐并誅殺了他。
十三日，由于久旱不雨，命令百官修身反省。
五月初三，或多或少地免除了先師孔子和宋儒朱熹、李侗、羅從彥、蔡沈、胡安國、遊酢、真德秀、劉子..、已故大學士楊榮等人後裔的賦稅徭役。
二十三日，赈濟京畿饑荒。
六月初一，有日食。
十六日，赈濟太原、平陽、潞安饑荒。
十九日，前禮部尚書潘晟兼任武英殿大學士，吏部侍郎餘有丁擔任禮部尚書兼文淵閣大學士，參與機要事務。
不久，潘晟又被罷免。
二十日，張居正死去。
秋七月十五日，赈濟平、慶、延、臨、鞏饑荒。
九月初一，朱翊鈞因得皇長子而頒诏大赦天下。
初九，上兩宮皇太後徽号。
冬十月十二日，蘇、松發大水，朝廷采取了免賦和赈濟的措施。
十二月八日，太監馮保被貶為奉禦，全家削去官籍。
十八日，恢複建言諸臣職務。
當年，又免除京畿内、山西受災害之地的稅糧。
哈密、烏斯藏曾來京朝貢。
萬曆十一年(1583)春正月初八，命令嚴加防範邊疆。
閏二月十一日，俺答之子乞慶哈世襲順義王封号。
緬甸侵犯永昌。
十二日，朱翊鈞到天壽山進谒九陵，免除路過之地的田租。
十七日，又到西山進谒恭讓章皇後、景皇帝之陵。
十八日回宮。
乙酉日，赈濟臨、鞏、平、延、慶五府旱災，免除其田租。
三月初二追削張居正的官級。
十八日，賜予朱國祚等人為進士及第和其他不同的出身。
夏四月初六，張四維因父喪離職。
初八，吏部侍郎許國擔任禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。
二十三日，承天普降大雨，長江水勢泛濫。
同月，廣東羅定發生兵變。
五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外蘭，攻克圖倫城。
六月十五日，赈濟承天、漢陽、鄖陽、襄陽災害。
秋八月初七，免除山西受災地區的稅糧。
九月初六日，朱翊鈞到天壽山拜谒祖陵，十一日回宮。
冬十月十五日，中止行刑。
二十三日，河南發生水災，分别予以免租和赈濟。
十一月初一，有日食。
十二月二十二日，慈慶宮受災，诏谕修身反省。
當年，有琉球前來朝貢。
萬曆十二年(1584)春二月二十日，京師地震。
二十二日，釋放建文諸臣外親遭貶及戍邊者的後裔。
三月二十二日，減少江西瓷器的燒造。
夏四月初九，查抄張居正家。
十一日，遊擊将軍劉纟廷讨伐平定隴川賊寇。
五月十九日，京師地震。
六月初六，以雲南用兵為由，免去稅糧及拖欠賦役。
秋八月十三日，将張居正之罪張榜公布于天下，并将其家屬戍邊。
九月十三日，事奉兩宮皇太後到天壽山拜谒皇陵。
十六日，建造壽宮。
二十一日，返回宮中。
冬十月十五日，中止行刑。
二十四日，免除湖廣、山東受災地方的稅糧。
十一月十六日，餘有丁死去。
十二月初二，前禮部侍郎王錫爵擔任禮部尚書兼文淵閣大學士，吏部侍郎王家屏兼東閣大學士，參與機要事務。
二十二日，停止開采銀礦。
這一年有安南、烏斯藏入朝進貢。
萬曆十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵變，擊傷總兵沈思學。
二月初六日，南京發生地震。
京師自去年八月以來沒有降雨。
三十日，舉行盛大祈雨祭祀。
三月十三日，再次隆重舉行祈雨祭祀。
十八日，李成梁出塞襲擊把兔兒炒花，取得大勝。
二十一日，減少杭州織造及尚衣監料銀。
尚寶司少卿徐貞明督治京畿水田。
夏四月初五，舉行盛大祈雨祭祀。
初七，由于久旱不雨，朱翊鈞诏令各地審理、平反冤案，釋放鳳陽輕犯以及監禁長時間的罪犯。
十七日，又步行至南郊祈禱，對大學士們說：“天大旱，是因為朕不德，也是因為各地有司貪婪，盤剝百姓，緻使天怒，今後必須慎選官吏。
”免除天下受災地區一年田租。
五月十六日，下雨。
六月初二，慈甯宮建成。
初三，建武所叛軍被平定。
同月，四川松、茂番人作亂。
秋八月十一日，京師地震。
閏九月初一，赈濟淮、鳳災害。
初五，朱翊鈞到天壽山觀看壽宮。
初十回宮。
二十二日中止行刑。
冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗員。
當月，順義王乞慶哈死去。
這一年有土魯番、烏斯藏前來朝貢。
萬曆十四年(1586)春二月十八日，嚴禁外官饋送禮物。
三月初三，由于久旱，要廷臣疏陳時政。
初八，禁止部曹言事，放棄整治京畿水田。
十八日，賜予唐文獻等人為進士及第以及其他不同的出身。
二十三日，仍然久旱不雨，朱翊鈞又命天下修身反省。
夏四月初九，京師地震。
六月二十日，松茂番被平定。
這年夏天，赈濟直隸、河南、陝西及廣西浔、柳、平樂，廣東瓊山等十二縣饑荒。
山西始鬧盜賊。
秋七月初十，赈濟江西災害。
十五日，朱翊鈞诏令戶、兵二部安撫災民，嚴格保甲制度。
當月，淇縣賊人王安聚衆打劫，被剿平。
九月初一，王家屏因父喪去職。
二十四日，中止行刑。
二十八日，朝廷下發帑并派官吏赈濟河南、山東、直隸、陝西、遼東、淮、鳳災害。
冬十月初五，禮部主事盧洪春上疏奏請謹慎對待弊端，被施杖刑後削去官籍。
十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。
這一年，有土魯番前來朝貢。
萬曆十五年(1587)春正月初三，分發國庫所藏的金帛以赈濟山西、陝西、河南、山東各地宗室。
三月二十六日，乞慶哈之子扯力克世襲順義王之封号。
夏四月，京師大旱，瘟疫流行。
六月初十，禁令廷臣奢侈。
當月，京師連降大雨，朝廷赈濟撫恤貧民百姓。
秋七月，江北發生蝗災，江南發生水災，山西、陝西、河南、山東又發生旱災，黃河也在開封決口，朝廷分别給予減免賦稅和赈濟。
八月初三，朱翊鈞以頻繁發生災害為由，命各撫、按官員力懲貪官，清理冤案，減免賦稅，赈濟撫恤百姓。
九月初一，應有日食，但因陰雲遮掩而不能看見。
初三，中止行刑。
冬十月初五，大學士申時行奏請皇帝批示轉發留在宮禁中的各種奏章。
十一月初三，鄖陽發生士卒喧亂，巡撫都禦史李材被撤職。
這一年，有哈密、琉球、烏斯藏前來朝貢。
萬曆十六年(1588)春三月初十，朱翊鈞下诏修改《景皇帝實錄》，删去成阝戾王之封号，後來沒有實行。
山西、陝西、河南及南畿、浙江同時發生饑荒和瘟疫。
夏四月，赈濟江北、大名、開封各府饑荒。
五月，四川建昌番作亂，被讨伐平定。
二十三日，朱翊鈞以倉儲軍械被焚和各省災傷為由，命内外官員修身反省。
六月初八，京師發生地震。
十二日，因災害而停止和減少蘇、杭織造。
秋七月初四，免除山東受災之地的夏糧賦稅。
十九日，制訂考察邊疆官員政績的方法。
八月十四日，朱翊鈞诏令從太倉取銀二十萬兩充作閱陵的犒賞費用。
九月初九，中止行刑。
初十，朱翊鈞到天壽山視察壽宮。
十四日，在石景山停留觀看渾河。
十五日回宮。
二十日，甘肅發生兵變，巡撫都禦史曹子登被罷免。
當月，青海部長他不囊進犯西甯，殺害其副将李魁。
冬十一月十二日，禁止空泛、冗長之奏章。
這一年有烏斯藏前來朝貢。
萬曆十七年(1589)春正月初一，有日食。
初九，太湖、宿、松一帶有劉汝國等賊寇作亂，安慶指揮陳越率兵讨伐，戰死。
二月十九日，吳松指揮陳懋功讨伐并平定亂賊。
三月初九，被罷免和升遷的官員上朝面謝。
從此以後皇帝臨禦逐漸減少。
十六日，雲南永昌發生兵變。
十八日，賜焦..等人以進士及第和其他不同出身。
夏四月二十三日，王家屏重新入閣。
始興妖僧李圓朗作亂，進犯南雄，被有司率兵讨伐并斬死。
六月初九，浙江發生風災，海潮泛濫。
十四日，永昌叛軍被平定。
三十日，南畿、浙江大旱，太湖幹涸，撥國庫銀四十萬兩予以赈濟。
秋八月二十七日，嚴申匿名揭發禁令。
冬十月初九，中止行刑。
二十九日，完成黃河決口築堤工程。
十二月十六日，朱翊鈞告誡各位官員遇事不要争強好勝。
這一年，安南、烏斯藏曾來進貢。
萬曆十八年(1590)春正月初一，朱翊鈞召見大學士申時行等人于毓德宮，并引皇長子前來相見。
夏四月十三日，赈濟湖廣饑荒。
六月初九，免京畿受災地區的夏糧賦稅。
十四日，青海部長火落赤進犯洮州，副總兵李聯芳戰敗死去。
十五日，更改宗藩先例，對無封爵者聽其自便。
秋七月初一，有日食。
二十六日，朱翊鈞召見内閣