大臣商議邊防大事，同時要他們舉薦将材。
三十日，兵部尚書鄭雒經略陝西四鎮及山西、宣、大邊務。
當月，火落赤再次進犯河州、臨洮，總兵官劉承嗣戰敗。
八月初四，停止扯力克互市及對其的賞賜。
冬十月初十，赈濟臨洮遭受戰亂的軍隊和百姓。
十二月十六日，朱翊鈞派遣朝廷大臣九人視察邊防。
這一年有安南前來朝貢。
萬曆十九年(1591)春正月，緬甸攻占永昌、騰越。
二月十八日，總兵官尤繼先在莽剌川打敗火落赤餘衆。
閏三月十二日，朱翊鈞以出現彗星為由，命群臣修身反省。
十四日，責備給事中、禦史擅進譏諷皇帝之言，罰減其官俸一年。
夏四月初一，祭祀太廟。
此後，廟中祭祀都遣人代替。
五月十八日，四川四哨番作亂，巡撫都禦史李尚思讨伐平定叛亂。
六月十九日，王錫爵歸鄉探親。
秋七月二十日，朱翊鈞告誡廷臣：因國事紛纭，使得大臣争相請求辭官還鄉，以後有肆行誣蔑的人要從重治罪。
八月初五，免除河南受災地方的田租。
九月初十，許國辭官。
十二日，申時行辭官。
十五日，吏部侍郎趙志臯擔任禮部尚書，原禮部侍郎張位擔任吏部侍郎，一同兼任東閣大學士，參與機要事務。
冬十月初一，京營軍官在長安門嘩變。
十二月初二，下诏規定戚臣莊田數目。
二十一日，河套部敵進犯榆林、延綏，總兵官杜桐将其擊敗。
這一年，京師發生蝗災，南畿、浙江發生水災，朝廷分别予以赈濟和減免賦稅。
同年，琉球前來朝貢。
萬曆二十年(1592)春正月二十六日，給事中孟養浩建議立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。
三月初八，甯夏已辭官的副總兵口孛拜殺害巡撫都禦史黨馨、副使石繼芳，占據城池反叛。
十一日，王家屏辭官。
十二日，總督軍務的兵部尚書魏學曾領兵讨伐甯夏叛賊。
十八日，朱翊鈞賜予翁正春等人以進士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日，總兵官李如松提督陝西讨賊軍務。
二十六日，甘肅巡撫都禦史葉夢熊率兵會同魏學曾讨賊。
扯力克擒住賊首，開關獻俘，于是朝廷返還其兩年互市賞賜。
五月，倭寇進犯朝鮮，攻陷王京，朝鮮王李日公逃往義州求救。
六月十九日，各路兵馬進軍到甯夏，賊寇引誘河套部進犯，被官軍擊退。
秋七月十六日，免除陝西拖欠賦稅。
十七日，副總兵祖成訓率兵援救朝鮮，在平壤與倭寇交戰，戰敗。
二十七日，罷免三邊總督魏學曾，以葉夢熊取而代之，不久逮捕魏學曾，打進監獄。
八月十八日，兵部右侍郎宋應昌經略防備倭寇之軍務。
二十二日，朝廷诏谕各地督撫舉薦将材。
九月十六日，平定甯夏賊寇。
冬十月十六日，李如松提督薊、遼、保定、山東軍務，并擔任防海禦倭總兵官，援救朝鮮。
同月，赈濟京畿、浙江、河南受災各府，并分别對田租予以減免。
十一月十二日，朱翊鈞駕臨午門，接受甯夏戰俘。
十二月八日，告示天下：甯夏賊寇已被平定。
這一年，有暹羅、土魯番前來朝貢。
萬曆二十一年(1593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇擊敗。
十六日，王錫爵還朝。
二十六日，朱翊鈞下诏封三個皇子為王，朝廷大臣據理力争，不久作罷。
二十七日，李如松進攻王京，在碧蹄館與倭寇相遇，戰敗。
二月二十九日，犒勞東征将士。
夏四月十九日，倭寇放棄王京而遁。
六月十四日，朱翊鈞诏令天下各地每年夏季審訊囚犯，對輕犯之類予以減刑和釋放，以兩京為例。
二十日，倭使小西飛真誠請求投降。
秋七月初一，诏谕救援朝鮮的各邊鎮軍隊返回。
初三，出現彗星，命群臣修身反省。
八月初五，朱翊鈞以災異頻繁為由，命内外諸臣修舉實政。
冬十月十六日，中止行刑。
十二月初七，薊遼總督顧養謙兼理朝鮮事務，召回宋應昌、李如松。
當年，赈濟江北、湖廣、河南、浙江、山東饑荒。
河南礦賊大起。
烏斯藏前來朝貢。
萬曆二十二年(1594)春正月二十日，朱翊鈞诏示天下：各省災害頻繁，尤以山東、河南、徐、淮為甚，盜賊四起，官吏玩忽職守，朝廷诏令不行，自今以後，要以安民除盜之政績來決定罷免和升遷撫按官員。
二月初四，皇長子朱常洛出閣講學。
十六日，派官員赈濟河南，并免除其田租。
三月二十五日，诏令修訂國史。
夏四月初一，日食。
五月十四日，禮部尚書陳于陛、南京禮部尚書沈一貫同時兼任東閣大學士，參與機要事務。
二十四日，王錫爵辭官。
六月初二，雷雨交加，西華門遭災，诏令修身反省。
秋七月二十日，河套部長蔔失兔進犯延綏。
當月，延綏總兵官麻貴在下馬關擊敗河套部敵軍。
冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢..總督川、貴軍務，讨伐播州宣慰使楊應龍。
二十三日，诏谕倭使入朝。
當月，炒花進犯遼東，總兵官董一元将其擊敗。
這一年，琉球、烏斯藏入朝進貢。
萬曆二十三年(1595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指揮楊方亨封平秀吉為日本國王。
三月二十三日，賜朱之蕃等人為進士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日，京師地震，朱翊鈞命令群臣修身反省。
秋九月初九，青海部長永邵蔔進犯甘肅，參将達雲将其擊敗。
十六日，下诏恢複建文年号。
冬十一月初三，湖廣遭災，分别予以減免賦稅和赈濟。
十二月初三，大學士趙志臯等人請求批發留在宮禁中的奏章，未得答複。
這一年，江北發生水災，淮河水漫河堤，淹沒泗州祖陵。
萬曆二十四年(1596)春二月十一日，麻貴将河套部擊敗。
三月初八，乾清、坤甯二宮遭火災，朱翊鈞命群臣修身反省。
二十五日，下诏自責。
當月，火落赤進犯洮河，總兵官劉纟廷将其大敗而逃。
夏四月初三，李宗城從倭營跑回王京。
五月初二，河套部之敵軍進犯甘肅，總兵官楊..将其擊敗。
初四，再次商議封倭事宜，命都督佥事楊方亨、遊擊沈惟敬前往。
六月，赈濟福建饑荒。
秋七月初二，吏部尚書孫丕揚請求批發推舉補缺官員的奏章，未予答複。
十三日，仁聖皇太後駕崩。
二十日，開始派遣中官在畿内開礦。
不久，河南、山東、山西、浙江、陝西之礦皆獲準開采，以中官統領。
群臣屢次進谏，皆未聽取。
閏八月初一，日食。
初三，大學士趙志臯奏請朱翊鈞臨朝執政，批發章奏，結束開礦，未予答複。
九月初二，楊方亨到達日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鮮。
二十二日，安葬孝安莊皇後。
此月，河套部又侵犯甯夏。
總兵官李如柏将其擊敗。
當年秋天，黃河在黃土固口決堤。
冬十月十三日，中止行刑。
二十二日，開始命中官專管通州專賣稅收。
此後，各省皆設稅使。
群臣屢谏不聽。
十二月十三日，陳于陛死去。
萬曆二十五年(1597)春正月二十六日，朝鮮使者請求救援。
二月初五，再次商議讨伐倭寇。
十五日，原都督同知麻貴擔任防倭總兵官，統率南北各路兵馬。
三月十五日，山東右參政楊鎬擔任佥都禦史，經略朝鮮軍務。
三十日，兵部侍郎邢..擔任尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略防倭事宜。
夏六月十九日，皇極、中極、建極三殿發生火災。
二十四日，終止編修國史。
秋七月初四，誡谕群臣。
初八，诏令大赦天下。
當月，楊應龍反叛，攻占合江、綦江。
八月十九日，倭寇攻破朝鮮閑山，于是逼近南原，副總兵楊元棄城逃走，倭兵逼近王京。
二十六日，京師地震。
九月初四，逮捕原兵部尚書石星，将其投進監獄，判為死罪。
冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，并前來請罪，诏令授予其安南都統使。
萬曆二十六年(1598)春正月，官軍攻擊蔚山倭寇，未克，楊鎬、麻貴逃奔王京。
三月十八日，賜趙秉忠等人以進士及第以及其他不同的出身。
二十七日，群臣前往文華門疏請皇長子成年完婚，未得允許。
夏四月十三日，遼東總兵官李如松出塞，遇伏戰死。
十八日，京師大旱，朱翊鈞令群臣修身反省。
六月初四，楊鎬被免職。
初五，中官李敬在廣東開采珍珠。
十三日，張位被免職。
二十三日，巡撫天津的佥都禦史萬世德經略朝鮮。
秋七月初三，中官魯保專賣兩淮的餘鹽。
八月二十四日，京師地震。
九月初十，免除浙江遭災地區的田租。
冬十月初三，總兵官劉纟廷、麻貴分兵攻擊倭寇，将其擊敗。
董一元攻擊新寨倭寇，戰敗。
十一月十七日，倭兵放棄蔚山逃遁，官軍分兵追擊。
十二月，總兵官陳瞞在乙山打敗倭寇，于是朝鮮被平定。
這一年，有烏斯藏前來朝貢。