當時世宗受到驚吓，病情嚴重，不能說話，方皇後傳達世宗命令，将端妃、王甯嫔及楊金英等人全部在街市上處以磔刑，還誅殺她們的親屬族人十餘人。
但是端妃确實不知内情，後來，世宗才知道端妃是被冤枉的。
嘉靖二十六年(1547)十一月十九日，方皇後去世。
世宗下诏說：“皇後當時救朕于危急之中，奉天濟難，應按元配皇後的禮儀安葬。
”将墓地預名為永陵，谥号孝烈，并親定谥禮的規格，比以往皇後的谥禮更加隆重。
禮成，頒诏天下。
等到服喪期滿，禮臣請求将方皇後的牌位安放在奉先殿東夾室。
世宗說道“：奉先殿的夾室不是正位，可以将皇後附祭于太廟。
”于是大學士嚴嵩等請求在太廟東側設立方皇後的牌位，居于皇母睿皇後之後，皇後寝藏神主則設帳在憲廟皇祖母之右，以按照附祭于祖婆的禮儀原則。
世宗說：“附祭之禮至關重要，豈能将就。
皇後不是皇帝，而是與皇帝相配者，配祭自然要有一定的次序，哪有享受祭祀依照這樣的禮制，而神主的安放卻依照那樣的禮制呢？方皇後設祭于仁宗廟中，按照新的次序享受附祭，就在朕的位置之後，不要亂了禮制。
”嚴嵩說道：“按新次序附祭，不是臣下所敢言的，況且陰位不同于陽位。
”于是世宗下令暫時将方皇後的神主放在睿皇後的旁邊。
嘉靖二十九年(1550)十月，世宗終歸還是想将方皇後附祭于太廟，命廷臣再議。
尚書徐階認為不能這麼做，給事中楊思忠同意徐階的意見，其餘大臣都不說話。
皇上從旁得知當時的情形。
等到群臣将商議結果上奏，說：“皇後正位中宮，按禮應當享受附祭，但倉促排列廟次，依臣子之情，不隻是不敢，确實是不忍心啊。
還是設牌位于奉先殿為宜。
”世宗十分震怒。
徐階、楊思忠非常惶恐，說“：周朝建有九廟，天子以三昭三穆設廟祭祀祖先。
本朝宗廟制度，同堂異室，與《周禮》不同。
而今太廟九室都已排滿，如果就