率領數十人騎馬逃走，多次與賊軍遭遇。
随從騎兵幾乎全部死去，鄧愈處境十分困迫。
連換三匹戰馬，卻全部倒斃。
最後乘上其養子之馬，才得以奪撫州門而出，奔返應天。
太祖沒有将他治罪。
不久徐達回師恢複洪都，太祖又命鄧愈輔佐大都督朱文正鎮守洪都。
第二年，陳友諒率領六十萬部衆入侵，其樓船高至與城相等，乘水漲之時直抵城下，包圍數百層。
鄧愈分守撫州門，正當要沖。
陳友諒親督部衆來攻，城牆壞達三十餘丈，鄧愈且築且戰。
敵軍進攻日益猛烈，鄧愈軍衣不解帶，晝夜防守達三月之久。
太祖親自率軍來援，城圍才得以解除，論功之時，鄧愈之功與克敵相等。
太祖平定武昌後，命鄧愈率軍攻戰于江西還未歸附的州縣。
鄧克明之弟鄧志清占據永豐，有兵二萬。
鄧愈将其擊敗，擒獲其大帥五十餘人。
又随常遇春平定沙坑、麻嶺諸寨，進兵攻取吉安，包圍贛州，五個月後将其攻克。
鄧愈晉升為江西行省右丞，時年二十八。
自從起兵以來，被迅速提升者，諸将中無人能比得上鄧愈和李文忠。
鄧愈為人簡練而穩重、謹慎而細緻，不憚危苦，治軍嚴格，善于安撫投降、歸附者。
他攻戰于安福時，部卒中出現擄掠百姓者。
判官潘樞前來谒見，當面指責鄧愈。
鄧愈驚起謝罪，急忙下令搶掠百姓者斬，并将軍中部卒所掠百姓子女搜索交出。
潘樞于是将他們安置在空屋當中，自己坐在屋外煮粥給他們吃。
士卒中有人企圖乘夜劫取，鄧愈便将這些士兵鞭打示衆。
潘樞将被掠百姓子女全部護送回家，百姓十分高興。
不久，常遇春攻克襄陽，朱元璋命鄧愈為湖廣行省平章鎮守此地，并賜信說：“你戍守襄陽，應當謹守法度，山寨中前來歸附者，兵民全部仍屬舊籍，小校以下全部命令他們屯種田地，邊耕邊戰。
你所戍之地與擴廓相鄰，如果你對百姓仁愛有加，在軍中嚴于執法，則擴廓所部将士都将慕義來歸，就如掙脫虎口，投靠慈母一樣。
我把你當長城一般地依靠，你要盡力啊。
”鄧愈披荊斬棘，設立軍府營屯，招徕、安撫歸附者，恩威并重。
吳元年(1367)，朱元璋建立禦史台，召鄧愈為