廖永忠随即擔任征南副将軍，率水師由海路會合湯和，征讨并降服方國珍，進克福州。
洪武元年(1368)，兼任同知詹事院事。
率軍平定閩中諸郡，至延平，擊敗并俘捉陳友定。
随即被授為征南将軍，以朱亮祖為副将，由海路攻取廣東。
廖永忠事先寫信給元左丞何真，對他曉以利害。
何真馬上奉書請降。
廖永忠至東莞，何真率領屬官出迎。
至廣州，降服盧左丞。
擒獲海寇邵宗愚，列舉其殘暴行徑，然後将其斬首，廣東百姓十分高興。
廖永忠又迅速傳谕九真、日南、朱..、儋耳三十餘城，守官紛紛納印請命。
然後進取廣西，至梧州，降服元達魯花赤拜住，浔、柳諸路皆下。
又派遣朱亮祖會合楊王景收複未下州郡。
廖永忠引兵攻克南甯，降服象州。
兩廣全部平定。
廖永忠善于安撫，百姓念其恩德，為其立祠。
第二年九月返回京城，太祖命太子率朝廷百官在龍江迎接慰勞。
廖永忠入朝觐見，太祖又命太子送他返回府宅。
廖永忠再出任職，安撫泉、漳。
三年，随大将軍徐達北征，攻克察罕腦兒。
回京後，封為德慶侯，年祿一千五百石，并被授予世襲憑證。
第二年，廖永忠以征西副将軍的身份随湯和率水師伐蜀。
湯和駐守大溪口，廖永忠先行。
到達舊夔府，擊敗守将鄒興等兵。
進至瞿塘關，這裡山峻水急，蜀人鋪設鐵鎖橋，橫據關口，船不能前進。
廖永忠密派數百人攜帶幹糧水筒，擡着小船翻山渡關，到達上遊。
蜀山草木繁多，廖永忠下令将士都穿上青蓑衣，在崖石間魚貫而行。
估計已到，便率領精銳出墨葉渡，五更時分，兵分兩路攻其水、陸寨。
水師都以鐵裹住船頭，設置火器而前進。
黎明時分，蜀人才發覺，派出全部精銳前來抵抗。
但此時廖永忠已破其陸寨，會合擡船出江的将士，一并齊發，上下夾