燕軍屢屢戰敗，諸将建議回師。
唯獨朱能按劍說道：“漢高祖開始十戰九敗，最終卻獲得了天下。
而今舉兵連連得勝，遇上小挫動辄就歸，豈能因此而北面事人耶？”成祖也大聲呵斥諸将說“：你們想怎麼辦都行。
”諸将遂不再敢言。
于是引兵往南，擊敗平安的銀牌軍。
都督陳晖來援，又敗之。
然後擊敗靈璧軍隊，擒獲平安等，降服十萬人。
朱能累升至右軍都督佥事。
又進克泗州，渡過淮河，擊敗盛庸軍。
然後拔盱眙，下揚州，渡長江，入金川門。
九月初四日，論功時，朱能僅次于丘福，被授為奉天靖難推誠宣力武臣、特進榮祿大夫、右柱國、左軍都督府左都督，封為成國公，食祿二千二百石，并被授予世襲憑證。
永樂二年(1404)，朱能兼任太子太傅，加祿一千石。
四年七月，皇上下诏命朱能佩征夷将軍印，西平侯沐晟為左副将軍，由廣西、雲南分道征讨安南，皇上親自送到龍江。
十月，朱能行至龍州，死于軍中。
年僅三十七歲。
朱能在諸将中年紀最輕，十分善戰，張玉則善于謀略，皇上将他倆當作左右手。
張玉死後，關于軍中進退之事全都找朱能商量。
朱能身高八尺，雄毅豁達，孝敬友愛。
雖位列上公，卻不曾因富貴而放縱自己。
他善于安撫士卒，他死的時候，将校們都為之悲痛流淚。
皇上将他賜葬于昌平，追封為東平王，谥号武烈。
洪熙時，朱能配享成祖廟庭。