呂原，字逢原，秀水人。父親呂嗣芳，任萬泉縣教谕。兄呂本，任景州訓導。嗣芳年老後，就養于景州，與呂本相繼去世。因為家貧，呂原無法将父兄歸葬故鄉，隻好葬于景州，時常到墓前恸哭。後來，他奉母親南歸，家境更加貧困。知府黃懋驚奇呂原的文章，把他補為生員，送他入學，後來考中鄉試第一名。
正統七年(1442)，呂原中進士及第，被授予編修官。十二年，他與侍講裴綸等十人一同被選入東閣學習，後來在講經筵當值。景泰初年，他升為侍講，與同學倪謙在文華殿東庑下教小宦官讀書。皇上有一天來到，命倪謙講解《國風》，呂原講解《堯典》，他們都受到皇上稱贊。皇上問他們是什麼官，他們回答說是中允兼侍講。皇上說：“二職品級相同，怎麼相兼？”進升二人為侍講學士，兼中允。不久他又升為左春坊大學士。
天順初年，他改任通政司右參議，兼侍講。徐有貞、李賢入獄的第二天，皇上命呂原入閣參預機務。石亨、曹吉祥弄權，高貴傲慢，卻唯獨敬重呂原。呂原朝會時穿着青袍，石亨笑道：“我将為先生換了它。”呂原不答。不久他與嶽正列出石亨、曹吉祥的罪狀上奏，但奏疏被扣留。石、曹兩人大怒，摘引皇上敕谕中的話，說閣臣诽謗皇上。皇上大怒，坐在便殿上，召他們去問話，厲聲說道“：嶽正大膽，竟敢這樣！呂原素來恭謹，為什麼要阿護嶽正？”嶽正被罷免，呂原得留了下來。李賢得複官入閣掌權後，呂原輔佐他。不久，彭時也入閣，三人相處得非常好。李賢通達，凡事立行決斷。呂原以穩重幫助他，百政得以妥善處理。這年冬，他升為翰林院學士。
六年(1462)，呂原遭母喪，連續三天水漿不入口。诏令他葬好母親後即出來理事。呂原請求守孝終制，皇上不許。于是呂原前往景州，挖出父兄的遺骸歸葬。在船上他枕着草墊，因為過度哀傷，原本很胖的身體，這時瘦了下去。到家後，剛辦完喪事他就去世了，終年四十五歲。贈禮部左侍郎，谥文懿。
呂原内剛外和，與世無争。他個性節儉，身無纨绮。他回去時的行裝隻有皇上賜給的幾件衣服，還分俸祿撫恤宗族和親戚。