十餘年，朝廷内外很多官員向上推薦，屢次發來檄文起用他，他都以雙親年老堅持不去赴任。
弘治年間，明孝宗任用有道德有才能的人，衆人建議兩京國學應當任用名儒，起用謝铎任職北監，趕上南監正缺祭酒，就以章懋補任，恰好遇到章懋父親去世而未去就職。
這時南監缺司業已有二十餘年，皇帝下诏僅任羅欽順，而空着職位以待章懋。
十六年(1503)，章懋三年服滿，他又再三推辭，朝廷不答應，他才到任。
六館士人都自認為得到了好老師。
監生尤木越母親病重，按例是不能回去探視，隻有日夜暗自流淚，章懋知道後就要他回去看望母親，并且說：“我甯願因違背制度而判罪。
”
明武宗即位，章懋陳述勤于聖賢之學，注重接續前代迄今的可述之事，恭敬地舉行大婚之禮，重視诏書诰令的權威，尊重上天的禁戒五件事。
正德元年(1506)，他請求退休，接連五次上疏請求，皇帝都不批準。
他又以身體有病懇求辭官，一直到第二年三月朝廷才接受他辭官的請求。
五年，起用任為南京太常卿，第二年又被起用任為南京禮部右侍郎，他都極力推辭不去任職。
有人屢次向朝廷陳述章懋的品德和威望，請求朝廷對他多加禮遇，下诏命有關部門每年按時慰問章懋。
明世宗即位，在家進職為南京禮部尚書，後退休。
這年冬天，朝廷派使者慰問他，而章懋已去世，享年八十六歲。
追贈太子少保，谥号文懿。
章懋治學恪守古代儒者的警訓。
有人勸他寫文章，他說：“此雕蟲小技，我沒有空閑。
”有人勸他撰述經義，他說：“古代儒者已經說盡了，我隻能做些删繁就簡的工作，”居官五十餘年，僅經過三次考核，難于進升而易于退位，人們都很看重他。
章懋生了三個兒子，多次要他兒子務農，縣令經過農田時，幾個兒子放下手中的農具跪迎縣令，人們都不知道是貴家子弟。
有個兒子到南監探望章懋，徒步前往，在路上被巡檢所毆打，事後巡檢得知打了章懋的兒子很害怕，而上章懋處請罪，章懋安慰他，并送他回來。
章懋晚年時，三個兒子及一個孫子都死了，章懋八十二歲生最小的兒子章接，後來蔭封為國子監生。