借災異向皇帝陳述要勤于朝講、節省費用、停辦齋醮、賞罰公平幾件事。
到冬天，南京、鳳陽發大水，廷臣多次上言時務，許久沒回音，劉健等為此立即向孝宗陳述怠慢朝政的過失，請求皇帝勤于聽取朝臣的意見，以振朝綱，孝宗都贊許地接受其進言。
《大明會典》完成，加封劉健少師兼太子太師、吏部尚書、華蓋殿大學士。
與李東陽、謝遷一同接受皇帝賞賜的蟒衣。
閣臣得賜蟒衣自劉健等開始。
孝宗事奉兩宮太後很恭敬小心，而兩宮太後都推崇佛道二教。
先前，清甯宮建成，孝宗命灌頂國師設壇慶賀，又派宦官攜帶真武像，在武當山設置祭壇，派使者上泰山獻神袍，或者大白天在街市上到處點燈。
孝宗很怕違背太後的旨意，曲從逢迎，而劉健等極力勸谏。
十五年六月，下诏拟撰寫《釋迦啞塔像贊》，十七年二月，下诏命在朝陽門外建延壽塔，任命道士林永祺等五人為真人，這些都因劉健等力谏方罷。
這年夏天，小王子圖謀侵犯大同，孝宗召見閣臣商議對付的辦法，劉健請求精簡京營大帥，接着說京軍怯弱不足以應戰，請求從現在起停止京軍的勞役以蓄養銳氣。
孝宗表示同意。
退朝後又上奏章對邊防事宜建言，孝宗全都允準。
不久，邊境緊急戰報交替傳來，孝宗受宦官苗逵的蠱惑要出兵。
劉健、李東陽、謝遷進行阻止，孝宗猶豫不決。
兵部尚書劉大夏也說京軍不能動，這才沒出兵。
孝宗自十三年，召見劉健等後，閣臣很少能見到皇帝，這時在位已久，更加熟悉政事，數次召見大臣，要依次革除繁法苛政，消除積弊。
曾經論及理财事，李東陽極力說明鹽政的弊病，由于需求者衆多，因而私鹽販運數倍增長。
劉健說：“太祖時茶法剛開始施行，驸馬歐陽倫因為私自販茶被判死刑，連高皇後都不能救他。
歐陽倫這樣的事誰敢跟陛下說。
”孝宗說：“不是不敢說，而是不肯說。
”于是诏令戶部核實利弊，全部奏報朝廷。
當時，劉健等三人同心輔政，竭心盡力，知無不言。
孝宗開始有的聽取有的不采納，不久劉健等更為孝宗所信任，其所奏請的事項無不接納，不呼劉健之名，而稱先生。
每次晉見，孝宗總是屏退左右的人，左右的人偶爾從屏風裡偷聽，隻聽見孝宗每每稱好，對任免文武大臣，治理整頓屯田、鹽政、馬政等各項政事，劉健輔佐協助最多。
不久，孝宗病危，召劉健等到乾清宮。
孝宗掙紮着坐起來，很詳細地叙述在位前後的情況，命令近侍記下來。
說完後，拉着劉健的手說：“先生輩輔導勤苦。
太子聰明，但年紀尚幼，好安逸遊樂，先生輩要常勸他讀書，輔佐他成為賢主。
”劉健等哽咽着叩頭領命而出。
第二天孝宗去世。
武宗繼位，劉健等對諸弊政進行治理。
凡是孝宗所想興辦或罷免的全都以遺诏形式下令施行。
劉瑾是原東宮太監，與馬永成、谷大用、魏彬、張永、丘聚、高鳳、羅詳等八人一同受重用，時稱之“八黨”，每天帶領武宗遊玩嬉戲，