重等于是交錯上奏章駁斥，王恕以有罪請求解職，孝宗好言勸阻。
王恕上言道“：臣承蒙國家厚恩，日夜思報。
人們見陛下委任臣職位過重，就期望臣更甚，希望臣要盡取朝政重新安排，像宋代司馬光那樣。
且不說臣的才能遠不及司馬光，即按當今時勢而言也不是元..年間。
況且六卿分職，各有所轄，臣豈敢越權行事。
但是董傑等責備臣，臣無法逃罪，隻請求允準返鄉。
”孝宗又好言慰留。
王恕感激皇帝對他的器重，更加全身心投入處理國事。
王恕正要因病休假，聽說孝宗提升很多宦官，甚至賜蟒衣、莊田，王恕全在疏中懇切地勸谏。
宦官黃順要求起複匠官潘俊以供役使。
王恕說不能因小臣破壞制度。
黃順堅持再上奏章，竟獲孝宗批準。
劉吉已對王恕懷恨在心，劉吉陷害壽州知州劉概以及言官周..、張籨、湯鼐、姜绾等，王恕直言上書極力相救，劉吉因此更加恨他，就夥同與其關系密切的魏璋等一起排擠王恕。
王恕先後舉薦羅明、熊懷、強珍、陳壽、丘鼐、白思明等，劉吉都暗示魏璋等阻撓。
王恕知道其志不能實行，接連上奏章要求離去。
孝宗總是安慰挽留他，并且因他年老特批準免去午朝，遇到大風雪，早朝也免。
徽王見沛求歸德州的田土，已得孝宗批準。
王恕說皇室宗親不應為争奪尺寸土地，而使百姓失業，孝宗婉轉地予以答複。
盧溝橋修成，宦官李興要求提升文思院副使潘俊等官員。
王恕說“：營造為日常工作，怎能記功？成化末年才有此事，陛下初政時所幸已革除裁汰，為什麼又實行？況且修建皇陵大工程也未聽說升職，其他的人援此例也求升職，将以何詞回絕呢？”孝宗采納王恕的意見。
事後，修京城河的橋，孝宗又批準李興請求授給四人官職，答應賜五人帽子和腰帶。
王恕上奏章勸谏，孝宗不聽，王恕第二次上疏規勸說：“臣主管考察任免官員，理當盡言。
而再次上疏不能改變陛下的視聽，陛下認為既然已批準的不能改變。
事情要求恰當，如果不恰當，就是改變十次又有何害？否則流弊就不可挽救。
”孝宗回答已知道了。
王恕先後因為災異分列七件事，由于星象異變陳述二十件事，都切中時弊。
壽甯伯張巒要求賜勳号、诰敕。
王恕說：“錢、王兩太後在宮中為皇後數十年，錢承宗、王源才求得爵位。
現在皇後才立三年，張巒已經封伯爵，陡然有這個請求，對陛下聖德有影響，不應批準。
”通政經曆高祿是張巒的妹夫，越級升為本司參議。
王恕說“：天下之官位是留給天下才學之士，勿徇私情封貴戚，造成不良影響。
”宮中傳旨讓禦醫徐生超依次遞補為院判，王恕請求從考績最上等的官員中選拔。
其意見不被接受。
文華