殿中書舍人杜昌等憑借關系增加俸祿，禦醫王玉自己要求晉升官職，王恕都極力争辯而作罷。
這時劉吉已被罷免，而丘浚入内閣，他與王恕不合。
當初，丘浚任禮部尚書掌管詹事府，他與王恕同為太子太保。
王恕為六卿首領，位在丘浚上。
到丘浚進入内閣，王恕以吏部尚書職不謙讓，丘浚因此不高興。
王恕考察天下衆官，被他貶退而丘浚調來聖旨又留用的有九十多人。
王恕屢次争辯達不到目的，他就力求罷免自己的官職，沒得到皇帝的批準。
太醫院判劉文泰曾經到丘浚家求取升任官職，後被王恕所阻止，劉對王恕恨之入骨。
王恕辭官居鄉時期，曾經托人為他寫傳記，雕版印行。
丘浚對劉說王恕為自己沽名釣譽诽謗君王，皇帝知道了罪名不小。
劉文泰聽了心動，于是自己起草奏章，讓被除名的都禦史吳祯潤色，攻擊王恕擾亂選官法則，并且在傳記中自比伊尹、周公，将官員奏疏扣留下來，一概說宮中不回複，以此造成先帝拒谏的影響，無做人臣的禮節，想從中制造奇禍。
王恕認為此奏出于丘浚旨意就上奏章分辯道：“臣做傳記在成化二十年(1484)，辭官在家裡二十二年，并非對先帝有意見。
況且傳中所載都是以顯示先帝納谏的美德，何名彰揚過失？劉文泰是無賴小人，此必是善寫文章心懷陰謀的人幕後策劃。
”孝宗将劉文泰下到錦衣獄，經審訊得到實情，有關部門請求逮捕丘浚，王恕及吳祯公堂對質。
孝宗内心不滿意王恕，就将劉文泰貶為禦醫，責備王恕沽名釣譽，焚毀雕闆，不問丘浚的罪。
王恕第二次上疏要求處理，得不到同意，就極力要求離職。
孝宗聽憑他乘驿車歸鄉，不賜敕書，月糧、歲役也減少很多。
朝廷官員因此看不起丘浚。
等到丘浚去世，劉文泰前往吊喪，丘浚妻子大聲呵斥他出去，丘妻說：“由于你的緣故，使相公與王公關系不好，背上不義的名聲，還吊什麼喪！”
王恕在朝廷内外為官四十多年，剛正清廉，始終如一。
他所引薦的耿裕、彭韶、何喬新、周經、李敏、張悅、倪嶽、劉大夏、戴珊、章懋等都是當時的名臣。
他尊重那些在野未仕的有才人，生怕提拔慢了。
弘治二十年間有誤，朝廷有許多正派的官員，各司其職很有條理，号為極盛時期，這都是王恕的功勞。
武宗即位，派遣官員送敕書慰問，賞賜羊、酒，增加糧食役奴，并且告訴王恕無所隐瞞地直話直說。
王恕陳述多件有關國家大政的事，武宗好言嘉勉。
正德三年(1508)四月，王恕去世，享年九十三歲。
訃告傳到宮中，武宗停止視朝一天，追贈特進、左柱國、太師，賜谥号端毅。
王恕有五個兒子、十三個孫子，大多德才兼備，官位顯赫。