朝廷讨論派遣大臣前往薊州督辦軍饷，操練軍隊，嚴嵩想任用貞吉前往，就召他喝酒告訴他這個打算。
貞吉說“：讓我督辦軍饷，是督辦京運呢還是督辦民運？這兩種運饷現在都有專人負責，再設一官隻能添加煩擾罷了。
況且軍隊沒得到操練的過錯原因也不該是運饷，就是派出十個戶部侍郎對練兵又有什麼幫助？”嚴嵩不高興地作罷了。
後來當嚴嵩請假在家時，吏部任用了倉場侍郎林應亮。
等嚴嵩出來後就更不高興了，讓都給事中張益彈劾應亮，把他調到南京，改用了佥都禦史霍冀。
張益在他的上書中又說“：督辦糧饷是戶部的專門職責，現在貞吉和左侍郎劉大賓在推選中根本未被提名，說明他們不稱職，應該予以免職。
”于是他們兩個侍郎都被免了職。
隆慶初年，貞吉起複，做了禮部左侍郎，掌管詹事府的事務。
穆宗視察太學時，祭酒胡傑剛剛被人評議後罷官，貞吉代理其事務，因為他講解《大禹谟》讓穆宗滿意，穆宗就任命他充任自己的日講官。
貞吉那時已年過六十，但說起話來理直氣壯，行走坐立儀表堂堂，穆宗對他很注重。
不久貞吉升任南京禮部尚書，已經動了身，穆宗因想念他，又留下他當經筵直講。
三年秋天，穆宗讓貞吉兼任文淵閣大學士參與機要事務。
貞吉上朝謝恩，奏道“：眼下朝廷的紀綱、邊境的防務都不景氣，我想為國捐軀，大膽做事，希望陛下能為我做主。
”穆宗這下更加高興了。
後來碰上敵寇打入大同，總兵官趙岢出了事，總督陳其學反而當成捷報遞上，被禦史燕如宦揭發了。
貞吉欲用重刑處置其學，兵部尚書霍冀隻主張把他貶官。
貞吉和同事争不過他，于是上書說“：邊關的大将違法，祖宗定下的處罰條例都還在，現在執法者屈法徇人，對得起公衆嗎？我老了，想盡忠也沒有辦法，請把我罷免了吧！”穆宗不答應。
不久還把他加官為太子太保。
貞吉認為先朝的禁軍分為三大營，每營都有統帥，現在讓一個人總督三大營兵力，權力太大，難于控制。
所以極力陳述這樣做的弊端，請把禁軍分作五營，各設大将統率，大略恢複成祖宗時的老樣子。
穆宗認為是好辦法，命令兵部召集朝臣加以讨論。
尚書霍冀過去和貞吉主張不一緻，對他的主張很不以為然。
朝臣中也有很多人認為強兵在于選擇大将，不在于改革兵制。
霍冀等人于是遞上奏議說三大營應維持原樣，隻是讓一個人當