總督，權力太大，應該給三大營各配一名大将，廢除總督，由一名文官擔任總理。
穆宗批示說可以。
原先給事中楊..彈劾霍冀貪婪、無能。
穆宗已經繼續留用他，霍冀因為楊..是貞吉的同鄉，就懷疑對他的彈劾是貞吉出的主意，又上書辯解，請求罷免，并且在奏章中攻擊貞吉。
貞吉也上書請求離休。
穆宗傳诏挽留貞吉，把霍冀削了職。
此後禁軍的營制屢次調整，不出一年就又恢複了老樣子，貞吉也争執不過。
隻是俺答叩擊邊塞請求封賞時，貞吉曾極力促成這件事。
在這之前，高拱二次入閣，并且一入閣就兼管了吏部。
貞吉向李春芳請求，也兼管了都察院。
高拱因為私仇想考察科道官，排斥異己。
貞吉和同事上書說：“不久前因為禦史葉夢熊議事不恰當，觸犯了陛下，陛下就嚴厲地指示考核言官，并且連帶考核任期内升了官的大臣，應當接受考核的有将近二百人，其中難道就沒有忠心報效陛下、敢于仗義直言的人？現在全把他們看成放肆、奸邪之人治罪，我擔心有關部門在執行過程中做得太過分，忠邪不分，以至于阻塞言路，打擊士氣，這可不是國家的福份啊。
”穆宗不聽。
高拱因為貞吉說中了他的隐情，也恨透了他。
等到考察時，高拱想拿掉貞吉喜歡的人，貞吉也拿掉高拱所喜歡的人來解恨。
就這樣被罷斥的有二十七個人，高拱所厭惡的已都在其中了。
他還引以為恨，唆使他的門生給事中韓楫彈劾貞吉平庸而且專橫，在考察過程中徇私舞弊。
貞吉上書辯解，請求退休，并且說“：我自從掌管都察院以來，僅僅因為考察這一件事和高拱意見不一緻。
他所幹的其他一些破壞選法、放肆作假、明白不過的壞事，我閉着嘴巴不敢說，辜負了陛下對我的任命，我實在是個平庸的大臣。
像高拱，那才真叫專橫呢。
我罷官以後，最好還是讓高拱回内閣中去，不要讓他長期掌握用人大權，廣樹朋黨。
”奏疏遞進以後，穆宗竟批準他退休了，可是高拱仍舊掌握着吏部的大權。
貞吉學識廣博，本領很大。
但他很好強，愛發脾氣，動不動就得罪人。
他對有的九卿重臣也直呼其名，很有些人也因此怨恨他。
高拱、張居正的名望、年齡都不如貞吉，但是都在他前邊受到重用。
他們三個人都仗着自己的才氣争強好勝，互不相讓，貞吉終于被排擠掉了。
他死在萬曆十年(1582)，朝廷追贈他為少保，谥文肅。