遷戶部侍郎，升為尚書。
自俺答侵犯京師後，軍書交錯征收兵饷。
于是孫應奎建議加派征收。
除北方諸府及廣西、貴州外，其他地方根據土地貧富，驟然增征銀兩一百五十萬兩有餘，而蘇州一府就征收八萬五千。
禦史郭仁是吳地人，到孫應奎處請求減征，孫應奎沒有聽從。
郭仁于是上奏章彈劾孫應奎，孫應奎上疏為自己辯護。
皇帝認為郭仁不應當私自委托，便将他調出朝廷。
既而國家資産不足以開支，孫應奎說“：今年收入兩百萬，而諸邊費用需要六百餘萬，一切取财的辦法都已用盡。
請皇上下令諸曹所隸屬的官吏、儒士、廚役、校卒，都應除去其冗餘人員。
而戶部支出、收入、盈餘減省的數目，也綜合其大綱，列出簿籍進上，使各職司部門府都知為國家珍惜财産。
”得到皇上批準。
三十一年(1552)正月，皇上命令孫應奎逐條列上京都與邊關備用糧草的數目。
孫應奎說：“自我進入京都到現在，收入合計除正稅、加賦、餘鹽五百餘萬兩銀子外，其他地方搜括的又有四百餘萬兩。
支出方面，除諸邊年例二百八十萬兩外，新增加二百四十五萬兩有餘，修整邊關振興經濟又要用八百餘萬兩。
”皇上因為耗費這樣多，懷疑有侵犯假冒，分别派遣科道官前往諸邊關核實。
給事中徐公遴指控孫應奎工作草率而又自以為是，于是将孫應奎改派為南京工部尚書，以方鈍代孫應奎之職。
諸邊饷銀越發增多。
方鈍想不出什麼妙計，請求皇上命諸臣逐條列上理财的計策。
議定執行二十九事，愈發吝啬得有傷大體。
孫應奎又調到戶部，辭職後歸還故裡，死去。
孫應奎作為谏官，多次觸犯權貴，他以高風亮節來勉勵自己。
晚年為戶部主管會計官員，一切為苟且求安打算，名聲大不如前。