陳九疇，字禹學，曹州人。
風流倜傥，多有權謀韬略。
自從作為諸生，就練習武事。
弘治十五年(1502)考中進士。
授官刑部主事。
有重罪囚徒越獄，無人敢捉，陳九疇手執長矛追趕并抓到犯人，于是以武健出名。
正德初年，他審查囚犯記錄于南畿，忤逆劉瑾，被貶為陽山知縣。
劉瑾敗落，陳九疇恢複舊職，曆任郎中，調遷肅州兵備使。
總督彭澤決定賄賂吐魯番方面，他派遣哈密都督寫亦虎仙前往實行。
陳九疇激動地說：“彭公受天子之命，節制邊疆，不能身當利害，為何這般沒有原則啊！”于是操練隊伍士兵，修繕營壘，經常如臨大敵。
寫亦虎仙果然暗通敵賊。
番酋速檀滿速兒侵犯嘉谷關，遊擊芮甯敗死。
不久吐魯番方面又派遣斬巴思等人用駱駝馬匹求和，但暗中派人給寫亦虎仙和他的同黨阿刺思罕兒、失拜煙答等人送信，讓他們作為内應。
陳九疇知道亂賊的計謀，抓住阿刺思罕兒和斬巴思送進監獄。
命通事毛鑒等人看守他們。
毛鑒等人過去與他們有聯系，想放他們離去，衆番都伺隙謀變。
陳九疇發現了這些情況，殺了毛鑒等人。
敵賊失去内應，于是拔帳逃走。
兵部尚書王瓊厭惡彭澤，并且追究陳九疇的失事罪，逮捕拘囚于法司監獄。
以失拜煙答死于獄中為罪名，在官籍中除去了他的名字。
世宗即位後，以原職起用陳九疇。
不久升為陝西按察使。
過了數月，甘肅總兵官李隆慫恿部下毆打殺死巡撫許銘，并焚燒他的屍體。
于是升陳九疇為右佥都禦史，巡撫甘肅，按驗許銘之事，誅李隆和亂兵生事的頭頭。
陳九疇抵達甘肅鎮，說額定軍兵七萬多人，現在有的不到一半，并且多是老弱之人，請求允許下令招募。
皇帝下诏批準。
嘉靖三年(1524)，速檀滿速兒又用二萬多騎兵圍攻肅州。
陳九疇從甘州晝夜奔馳入城，射擊敵賊，敵賊死傷甚多。
之後，又出兵追擊。
攻掠甘州的部分敵賊，也被總兵官姜..打敗。
根據戰功，陳九疇升職為副都禦史，并賜給他金币。
陳九疇向皇帝上奏說“：番賊敢入犯我邊境，