是因為我們收納他們的朝貢，任其商販，使得他們熟悉我們的虛實。
寫亦虎仙的逆謀已經暴露，但他賄賂權貴，反而能蒙寵幸，以犯邊之寇，為來貢賓客。
邊臣因利害方面的恐懼，拱手聽命，緻使内屬與番人勾連接應，以至于今。
現在即使不能像漢武帝那樣興大宛之師，也應當效法光武帝那樣隔絕西域的計謀。
先後入貢沒有歸去的人有兩百多，應該将他們安置到兩粵，對其中有謀逆迹象的或加刑或殺戮，那麼敵賊就沒有内應作為依靠，必然不再有侵略襲擊。
倘若再包含隐忍，恐怕河西十五個衛所，将永遠沒有安甯的日子。
”奏事下達之後，總督楊一清頗采納他的建議。
四年春天，退職歸鄉。
開始，吐魯番失敗逃遁，都指揮王輔說速檀滿速兒和牙木蘭都被炮打死，陳九疇以此上報。
後來他們二人上表請求進貢。
皇帝感到奇怪并且懷疑他們。
而番人先在京師散布流言蜚語，說肅州的圍困，是由陳九疇激發的，皇帝更加相信。
正巧百戶王邦奇揭發楊廷和、彭澤的短處，言詞牽連到陳九疇。
吏部尚書桂萼等人想利用陳九疇來排擠彭澤，因而請允許通貢，從而追究整治陳九疇激發變亂之事。
大學士楊一清說事情在前已有決定。
皇帝不聽，逮捕陳九疇下诏獄。
刑部尚書胡世甯在朝廷上說“：世甯掌管刑法而殺忠臣，甯可殺世甯。
”于是上疏為陳九疇鳴冤說：“番人詐變，妄圖傳遞诽謗怨言，想加害我方的謀臣。
他們畜謀内寇，為日已久。
一旦擁兵深入，諸番約定為内應，不是陳九疇先機奮身而起，并且近派屬下夷民退卻他們的營帳，遠交瓦刺擾亂他們的巢窟，使他們内顧而返，那麼肅州這座孤城怎麼又能保得住呢？臣認為文臣裡面的有勇知兵忘身殉國的人，無人能比得上陳九疇，無怪番人很懼怕而想殺他呢。
隻是他聽信部下兵卒的妄報，以為滿速兒已死，那麼他才有其不免之罪。
”之後，法司陳述案件也像胡世甯所說的一樣。
皇帝終于還是聽信桂萼等人的話，将陳九疇貶戍于遠邊。
在那裡生活了十年，陳九疇才遇赦返回内地。