撫蘇..、侯钺都被逮捕，于是升王忄予為右副都禦史，巡撫大同。
秋防之事完工，就加官兵部右侍郎。
薊、遼總督楊博還朝，即調王忄予去代替他。
不久晉升為右都禦史。
王忄予說：“騎兵便于在平地作戰，步兵利于險阻作戰。
現在薊鎮劃地為守，請求去掉其他郡的秋防馬兵八千，用步兵代替，一年節省銀子五萬六千多兩。
”皇帝聽從了他的話。
後打來孫十多萬騎兵深入廣甯諸處，總兵官殷尚質等人戰死，王忄予因此被停薪俸三個月。
不久，打來孫又用十萬騎兵駐屯青城，分派精銳騎兵侵犯一片石、三道關。
總兵官歐陽安抵禦并打退敵人。
事情奏聞朝廷後，賞賜他銀币。
把都兒等人侵犯遷安，副總兵蔣承勳戰死。
王忄予被降為兵部侍郎，留任。
起初，皇帝器重王忄予的才華，很寵愛他。
等到他的部下屢次失事，則認為他不足以辦寇，命令嚴嵩與兵部謀計防守事宜。
嚴嵩奏說流河口邊牆有缺口，所以敵寇乘虛而入，應當大修邊牆。
并且下令王忄予選補定額士兵，對官軍進行操練戰鬥或防守，不得專門依靠其他城鎮的援兵。
兵部逐條奏上六事，像嚴嵩所指出的一樣。
皇帝于是下诏責備王忄予，赦了他的罪，叫他充實主兵，減少援兵，遵循奏議。
于是練兵的提議開始執行。
當時敵寇的另一支侵入沈陽，有個鄉兵叫金仲良的人捉住敵人頭領讨賞。
王忄予賜他銀币，将金仲良升官三級。
防秋完工之後，王忄予被複原職。
不久又因為沈陽卻敵有功，蔭庇一子。
既而敵寇又侵入遼陽，副總兵王重祿戰敗。
禦史周斯盛向皇帝報告這件事。
皇帝不問王忄予的罪，而按條律處治其他将吏。
開始，皇帝聽從楊博的話，命令薊鎮入衛兵聽候宣、大總督調遣。
王忄予說：“古北諸關口無險要可守，單單依靠入衛兵防護陵京，奈何聽調發。
”皇帝發怒說：“過去下令薊鎮練兵，現在一個兵卒也不練，遇到防秋就調他鎮之兵，兵部詳細讨論這件事，然後報告我。
”兵部大臣說：“薊鎮定額的兵很不足，應當察補。
”于是派遣郎中唐順之前往核實。
唐順之回來奏報說，額兵規定九萬多人，現在隻有五萬七千人，又都是羸老之人。
王忄予和總兵官歐陽安、巡撫馬..及諸将袁正等人，都應當按治。
于是降低王忄予薪俸二級。