馮恩，字子仁，松江華亭人。
幼年是孤兒，家庭貧窮，他的母親親自督教他學習。
等到年齡大一點，知道竭力學習。
除夕之夜無米下鍋而且天在下雨，房室盡濕，馮恩在床上讀書神情自若。
登嘉靖五年(1526)進士，授官行人。
出外慰勞兩廣總督王守仁，向王守仁執禮為弟子。
不久提升他為南京禦史。
按過去的慣例，禦史有時審理案件，不定案就移交給刑部，刑部定案後，不再向禦史通報。
馮恩請尚書仍然向禦史通報，諸位曹郎喧嘩，說禦史以我等為屬吏。
馮恩說：“不敢這樣，想知道事情的本末，好進行檢查核實。
”尚書不能拿什麼來為難他。
之後，巡視上江。
指揮張紳殺人，馮恩立即将他處死。
考察赴朝廷觐見官吏，南台照例先行檢舉。
都禦史汪钅宏專權，請求到北台去，等到事情完畢，才允許論列。
馮恩和給事中林士元等人上疏争辯這件事，才使得恢複原來程序。
皇帝采用閣臣的建議分建南北郊祀，并且想讓皇後行蠶禮于北郊，诏令廷臣各抒己見，但诏令中屢次斥責持有異議的人為邪徒。
馮恩上言說“：人臣進言非常困難，明诏下令直谏，又诋毀直谏的人為邪徒，讓人适從哪一個呢？這不是陛下的意思，一定是左右奸佞的人想借其說而暗中诋毀的緣故。
而今士風日下，以緘默不語為老成，以語言正直為矯激，已經禍及到忠直的人。
如果事先擔心有異議，而逆诋之為邪，那麼必定是雷同附和，然後才行。
況且天地合在一起祭祀已有一百多年，怎麼能輕易改變？《禮》說‘：男不言内，女不言外。
’皇後深居九重，豈适合遠出郊野？希望陛下迅速罷去二項提議，不要被讨好您的人所誤。
”馮恩寫疏章時，自己估計要得到重罰。
等到疏上奏後，皇帝不給他加罪，馮恩因此更加感奮。
十一年(1532)冬天，彗星出現，皇帝下诏書征求直言。
馮恩以天道遠、人道近，來詳細指稱大臣的邪正，他說：
“大學士李時小心謙抑，解撥紛亂不是他的長處。
翟銮附勢持祿，惟事模棱。
戶部尚書許贊謹厚和易，雖然缺乏果斷，必定沒有不必要的開支花費。
禮部尚書夏言，很有學問，是豪放的才士，駕馭任用他，可能是救時的宰相。
兵部尚書王憲剛直不屈，通達有為。
刑部尚書王時中，不知進退，委靡不振。
工部尚書趙璜廉介自持，制節謹嚴。
吏部尚書左侍郎周用，才學有餘，正直誠實不足。
右侍郎許诰講論便捷，學術迂腐不正。
禮部左侍郎湛若水聚徒講學，素行未合人心。
右侍郎顧鼎臣警悟疏通，不