憲偵察得知冉氏在老夭那裡，表面議說要贖她，而暗中擊殺老夭。
官軍于是進入龍停砦，一并捉拿扳凳砦苗人龍老丙，命令他獻出石章保。
由此諸苗全部被降服。
白洗、養鵝的諸苗反叛，石邦憲征讨并擒住敵魁，降服一百多砦。
湖廣溆浦瑤人沈亞當等作亂，總督石勇檄令石邦憲讨伐他們，石邦憲生擒沈亞當，俘殲二百多人。
甫溆浦平，銅仁、都勻的苗人互相煽動進行反叛。
石邦憲亟馳回來，率領守備安大朝進剿。
先攻破彪山砦的敵賊，乘勝以謀略平定諸砦。
俘虜敵賊的頭子龍老羅、王三等人，餘黨全部平定。
石邦憲又與總督黃光升，修築湖北的墩台、烽土侯一百多所，招降冷水溪諸洞苗二十八砦。
播州容山的副長官土舍韓甸與正長宮土舍張問相互攻擊，韓甸多次取得勝利，于是他糾集生苗在湖、貴境内搶劫，将近二十年。
張問也糾集黨徒自助。
石邦憲讨伐張問，斬敵一百多人，張問潛逃，被擒獲。
官軍乘勝攻入韓甸的巢穴。
遇上天黑，下大雨，官軍迷失路徑。
守備葉勳、百戶魏國相等人陷入埋伏之中，戰死。
石邦憲突圍而出，帶軍回到鎮遠。
再次征讨韓甸，敵賊沿江防守。
石邦憲佯裝與他抗争，而另外從上遊三十裡處縛竹渡江。
水陸并進，大破敵賊。
斬殺韓甸，容山被平定。
石邦憲晉右都督。
不久石邦憲與巡撫吳維嶽招降平州叛酋楊珂，剿平龍裡衛敵賊阿利等人。
在這個時候，水西宣慰安國亨恃衆跋扈，谒見上官時，辭色不善，往往煽動兵衆喧嘩鼓噪而出。
石邦憲召見他譴責說“：你想造反嗎？我看見你如釜中的遊魚。
你的兵與雲、貴、川、湖的兵相比誰的多？你有四十八個酋長，我鑄四十八個印給與他們。
早上下令，傍晚就把你給滅了。
”安國亨叩頭謝罪，頗為收斂。
隆慶元年(1567)石邦憲剿平鎮遠的苗人。
之後，他又攻破誅滅白泥土官楊斌貝和苗人酋長龍力水等人。
部内之人對他服服帖帖。
石邦憲生長在黔土，熟悉苗人風土人情。
他善于用兵，經過的戰鬥大小有數十近百次，無不被他摧毀攻破。
先後晉俸祿有四次，賞賜銀币十三次。
他所得的俸賜，全部用來招待士兵，家中沒有多餘的資财。
做總兵官十七年，威鎮蠻中。
他和四川的何卿、廣西的沈希儀并稱一時的名将。
第二年(1568)死在官任上。
贈官左都督。