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敵人又進犯欽州，俞大猷攔截了敵人舟船，連續追戰數天，生擒範子儀的弟弟範子流，殺死敵人一千二百多名，并乘勝追擊到海東雲屯，傳檄宏氵翼，要他殺掉子儀，以首級獻于軍前，宏氵翼照辦，安南兵事平息。
嚴嵩為了抑制俞大猷，不為其報功，隻以贈銀五十兩作罷。
同年，瓊州五指山黎民那燕串通感恩、昌化黎民諸部共同反叛，歐陽必進又調俞大猷讨伐。
當時朝廷議設崖州參将，以俞大猷擔任此職，于是俞大猷會同廣西副将沈希儀等官軍進攻反叛者，共俘虜、殺死叛賊五千三百多人，招降三千七百人。
俞大猷上書歐陽必進說“：黎民也是人呀，隔幾年就反叛一次征讨一次，這難道符合上天憐恤生民的意旨？應該建立城池，設立市鎮，用治理漢人的方法進行綜合治理，這樣才能安民。
”歐陽必進采納了他的建議。
于是俞大猷單人匹馬進入山寨，與黎民确定共處的原則，海南遂告安靜。
嘉靖三十一年(1552)，倭寇大舉侵擾浙東。
皇帝诏令調任俞大猷為甯波、台州諸府參将。
當時倭寇攻破了甯波昌國衛，俞大猷率兵擊退敵人。
倭寇又攻陷紹興臨山衛，轉攻至松陽。
知縣羅拱辰奮力抵禦海寇的進攻，俞大猷在海上阻截敵人，有較大的戰果，但竟被朝廷以失事停俸。
不久，又追殺海寇于海中，焚敵船五十餘艘，因此撤銷了停俸的處分。
二年之後，海寇據守波普陀。
俞大猷率領将士攻擊，攻至半山，海寇突然出擊，殺死武舉人火斌等三百人，朝廷因此給他以戴罪剿寇的處分，不久在吳淞大敗海寇，诏令取消上述處分，并賜銀币。
海寇從健跳所入侵，俞大猷北部接連破敵，很快取代湯克寬任蘇松副總兵職務。
當時俞大猷手下兵卒不超過三百人，調集的各路兵卒尚未到來，海寇趁機進犯金山，俞大猷作戰失利。
這時倭寇屯集在松江柘林的兵力有二萬多人，總督張經督促俞大猷出戰，俞大猷堅持不可輕舉妄動。
等到永順、保靖兵卒陸續趕到時，才随張經大敗倭寇于王江泾，但功勞被趙文華、胡宗憲所冒領，并因金山戰敗事，被朝廷貶谪為一般辦事官員。
柘林倭寇雖然敗北，但新增援的倭寇乘戰船三十餘艘突破青村所，與南沙、小烏口、浪港諸路賊人彙合，進犯蘇州陸泾壩，直逼婁門，擊敗南京都督周于德所率部隊。
海寇又分為二路，北路攻掠浒墅，南路騷擾橫塘，兵勢蔓延到常熟、江陰、無錫等地，進退于太湖之中。
俞大猷與副使任環大敗海寇于陸泾壩，燒毀敵船三十餘艘。
又在三丈浦對向海外逃走的倭寇予以攔擊，擊沉敵船七艘，海寇退往三闆沙停泊。
不多時，另外一支倭寇進犯吳江，俞大猷與任環又在莺月豆湖處伏擊，倭寇逃往嘉興。
三闆沙倭寇掠奪民船作逃跑的打算，俞大猷追擊到馬迹山，擒獲倭寇頭目。
金泾、許清、白茅港的倭寇見勢不妙，都乘船出海，俞大猷追擊到榮山，焚毀五艘敵船。
倭寇逃到馬迹山、三闆沙，官軍又追上，破壞了三艘敵船。
江陰蔡港倭寇也企圖逃走，官軍在馬迹山、馬圖、寶山分别與敵作戰。
正值飓風掀起，海盜船沉沒不少。
柘林的倭寇亦遭官軍攻擊，擊沉船隻二十餘艘，其餘的倭寇退到岸上。
稍後，又乘船向海外逃竄。
俞大猷與佥事董邦政分