路攻擊，俘獲敵船九艘。
在大風的襲擊下，敵人又損失戰船三艘，剩下的三百人回頭登岸，逃到華亭陶宅鎮駐守，屢次擊敗趙文華所率大部官軍。
入夜倭寇屯駐周浦永定寺，官軍四面合圍。
此時柘林遭風暴襲擊的九船倭寇屯集于川沙窪，并糾合其他失散倭寇船隻共計四十餘艘，兵勢尚未止息。
巡撫曹邦輔彈劾俞大猷放縱敵人，嘉靖帝惱怒，剝奪其世襲特權，并說他該當死罪，令俞大猷立功贖罪。
由于官軍對周浦倭寇圍攻甚急，倭寇乘夜色掩護向東北逃竄，遭到遊擊曹克新的攔截，殺死敵人一百三十名，其餘倭寇遂與川沙窪的倭人彙合。
各路官軍日夜攻擊，川沙窪的倭寇燒掉營地乘船出海。
俞大猷帶副使王崇古入海追擊，在老鹳嘴趕上敵人，焚毀倭寇大船八艘，殺傷無數。
殘餘倭寇逃往上海浦東。
起初，因倭患嚴重，特地任命都督劉遠為總兵官，兼職管轄蘇、松諸郡，在幾個月的時間内毫無作為。
廷臣争說俞大猷有将才。
嘉靖三十五年(1556)三月遂将劉遠罷免，任命俞大猷為總兵官。
倭寇進犯西庵、沈莊及清水窪，俞大猷偕同董邦政擊敗敵人，倭寇逃到陶山，皇帝為此诏令歸還俞大猷世襲特權。
倭人自黃浦向外逃遁，俞大猷追擊挫傷敵人。
這年冬天，因為參與讨平徐海的功勞，加職為都督佥事。
徐海部衆被讨平後，浙西的倭患止息。
隻有甯波舟山的倭寇依據險要，與官軍抗衡，官軍将其圍困，而難以攻克。
此時作戰勇猛的狼兵、士兵都已遣散放歸，而從四川、貴州調集的麻寮、大剌、鎮溪、桑植六千名士兵剛到。
俞大猷乘大雪天，四面攻擊舟山倭寇，倭寇拼死作戰，殺死了士官一名。
各路官軍愈益争先，沖上去焚毀了敵人栅欄，倭寇死亡甚多，逃出來的也被殲滅，舟山倭寇被官軍掃平。
第二年，胡宗憲正以計謀取汪直，聽從盧镗的建議與汪直通市貿易，俞大猷表示堅決的反對。
後來汪直被誘捕下獄，汪直餘黨毛海峰等于是據守舟山，在岑港設寨阻擋官軍。
俞大猷圍擊，不時有一些小的勝利。
然而仰攻不利，沖上去的将士多被敵人殺死。
倭寇大批增援而來。
朝廷急切地督促胡宗憲出戰，胡宗憲以大話敷衍。
朝中士大夫競相诋毀胡宗憲，并彈劾俞大猷。
于是撤銷俞大猷及參将戚繼光的職務，并以一月為期限，平定倭寇。
俞大猷等感覺壓力甚大，于是對倭寇發動了更加猛烈的攻擊，倭寇也更加死守。
三十七年(1558)七月倭寇才自岑港移駐柯梅，造起一批戰船後，泛舟逃去。
俞大猷等在海上攔截，擊沉倭船一艘，其餘倭寇于是乘船向南，流動攻掠閩、廣一帶。
俞大猷先後殺倭四五千人，幾乎平定倭患。
由于官軍将倭寇圍擊一年而不能攻破，胡宗憲覺得倭寇出走更有利，于是暗地讓敵人溜出，并不督兵邀擊。
等到禦史李瑚就此事彈劾胡宗憲時，胡宗憲則将罪責推到俞大猷頭上，嘉靖帝大怒，下令逮捕俞大猷，再次剝奪他的世襲蔭庇的特權。
陸炳與俞大猷的私人關系很好，他暗地裡用自己的家私向嚴世蕃行賄，俞大猷得以出獄，并命他去邊塞立功贖罪。
大同巡撫李文進了解俞大猷的才華，跟他一起籌劃軍事。
于是俞大猷設計制造出抵禦敵人騎兵的獨輪車。
他曾用百輛獨輪車、