吳平進入福建，把總朱玑等人在海上陣亡。
俞大猷率水兵，戚繼光領陸軍夾擊吳平于南澳，大敗敵人，吳平僥幸留了一條性命率部脫逃，逃到了饒平鳳凰山。
戚繼光留守南澳，俞大猷的部将湯克寬、李超等跟蹤追擊，卻連續為敵人所敗，吳平又掠奪民船流竄海上。
閩、廣的巡按禦史紛紛上疏責難，俞大猷因此受到撤職的處分。
吳平終為湯克寬追擊遠逃，再不敢上陸劫掠了。
河源、翁源賊人李亞元等活動猖獗，總督吳桂芳留俞大猷征讨，征兵十萬，分五路進擊。
俞大猷用計親搗賊巢，生擒李亞元，俘虜、斬殺敵人共計一萬零四百人，救回被裹挾的男女八萬餘人。
于是朝廷又恢複了俞大猷的職務，調任廣西總兵官。
按照舊例，用有功之臣總管兩廣官軍，與總督同駐梧州，皇帝采用給事中歐陽一敬的建議，在廣東、廣西各置将帥，罷除勳臣總管兵事的辦法。
于是召恭順侯吳繼爵回京，代以俞大猷，并授予俞大猷平蠻将軍印信。
而用劉顯鎮守廣東。
兩廣同時設置大帥，從俞大猷及劉顯開始。
降将伍端死後，他的部屬王世橋又起兵反叛，劫持了同知郭文通。
俞大猷連續擊敗王世橋，王世橋的部下将他抓住獻給了俞大猷，因此，俞大猷升為都督同知。
海寇曾一本，本來是吳平的同夥，後降于官軍，至此又叛降，劫持澄海知縣，擊敗官軍，守備李茂才也中炮身亡。
皇帝诏令俞大猷暫時督率廣東兵協助讨伐。
隆慶二年(1568)，曾一本進攻廣州，後又攻掠福建。
俞大猷集合郭成、李錫部隊剿滅了曾一本及其部衆。
俞大猷因功升為右都督。
廣西古田僮人黃朝猛、韋銀豹等，在嘉靖末年曾經兩次劫掠省城官庫，殺害參政黎民表。
巡撫殷正茂征兵十四萬，交俞大猷統屬征讨。
俞大猷分兵七路，連續攻破數十處賊人巢穴。
賊人力保潮水寨，該寨建在高山的頂端，官兵攻十餘日未能奏效。
俞大猷假意分兵進攻馬浪之敵，而密遣參将王世科率兵乘夜雨之機登山設下伏兵。
天剛亮，大炮驟發，敵人大驚，各路部隊乘機攀緣而上，敵人全軍覆沒。
馬浪等賊人巢穴相繼被官軍攻克，共計殺死、俘虜敵人八千四百多名，活捉了黃朝猛、韋銀豹，百年來的賊寇之患一朝盡除，俞大猷因功享有世襲蔭庇子孫的特權，升為指揮佥事。
俞大猷是一位廉潔的将帥，對部下頗有恩惠，數建奇功，名震南部疆土，而巡按李良臣以奸貪之罪彈劾他，兵部堅決為其辯誣，皇帝诏令大猷回原籍聽候差遣。
後來起用為南京右府佥書。
未及赴任，後又以都督佥事出任福建總兵官。
萬曆元年(1573)秋天，海寇突襲闾峽澳，因戰事失利俞大猷被剝奪職務，又以署理都督佥事起用為後府佥書，訓練車營，三次上疏，請求退休，不久，去世，贈左都督銜，谥号為武襄。
俞大猷負有奇節，以古代賢人豪士為自己的楷模。
他用兵，先謀略而後征戰，眼光遠大，不貪近功。
忠誠為國的精神老而彌笃，所到之處屢有大功。
武平、崖州、饒平都為之立祠祭祀。
譚綸曾給他寫信說“：在節制部伍的精明上，您不如譚綸；在賞罰的分明上，您不如戚繼光；在作戰的勇猛快捷上，您不如劉顯。
然而這些都是小智，您則為大将之才。
”