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乘勝追至福清，擊敗牛田倭寇，并搗毀其營地，倭寇餘部逃到興化。
戚繼光急速追趕，半夜時分抵達倭寇屯聚之地，連續攻破六十營，殺倭一千多人。
黎明入城，興化人才知道“戚家軍”到，酒肉慰勞不斷。
戚繼光于是回師。
抵達福清時，正遇倭寇從東營澳登陸，擊斃倭寇二百人。
劉顯也屢次擊破倭寇，福建倭寇幾乎滅絕。
于是戚繼光到福建舉行祭飲之禮，刻石紀事于平遠台而還。
等戚繼光回到浙江後，新來的倭寇日益增多，并圍困興化城達一月之久。
正碰上劉顯派士卒八人攜帶文書入城，士卒衣服上刺有“天兵”二字。
倭寇殺死這八名官兵，穿上他們的衣服，欺騙守将入城，夜晚破門迎接倭寇。
副使翁時器、參将畢高逃走，通判奚世亭代理政事，被倭寇殺害，興化城被焚燒搶劫一空。
倭寇在此滞留兩月，又攻破平海衛，并以此為據點。
開始，興化告急時，皇帝已任命俞大猷為福建總兵官，戚繼光為副總兵。
興化城失陷後，劉顯士卒較少，守在城下而不敢攻擊。
俞大猷也不想進攻，想調兵合圍困住敵人。
嘉靖四十二年(1563)四月，戚繼光率浙江兵趕到。
于是巡撫譚綸命令戚繼光為中鋒，劉顯居左，俞大猷居右，合力攻擊倭寇于平海。
戚繼光率先突破，左右軍相繼跟上，殺死倭寇二千二百人，放還被掠奪的百姓三千人。
譚綸向朝廷報功，戚繼光功居榜首，劉顯、俞大猷次之。
嘉靖帝為此在郊廟行告謝之禮，大張旗鼓地給功臣頒獎。
戚繼光先因平定橫嶼倭寇之功，升為署理都督佥事，至此又升為都督同知，世代蔭庇千戶之職，于是取代俞大猷為總兵官。
次年二月，倭寇餘黨又糾集新來倭寇一萬多人，圍困仙遊三日，戚繼光在城下擊敗倭寇，又追擊倭寇于王倉坪，斬殺倭寇數百名，倭寇多墜落峽谷而死，剩下的數千人逃奔到漳浦蔡丕嶺。
戚繼光分兵五路，身帶短兵刃爬崖而上，俘虜、殺死倭寇幾百人，倭寇殘餘于是掠奪漁舟船逃往海外。
很久之後，倭寇從浙江進犯福甯，戚繼光督率參将李超等擊敗倭寇，乘勝追殲永甯倭寇，殺倭三百多人。
不久與大猷在南澳擊敗吳平，并征讨不肯降服的吳平餘部。
戚繼光統兵号令嚴肅，賞罰分明，言之有信，士卒莫不為其沖鋒陷陣，他與俞大猷均為名将，操行雖不及俞大猷，但果敢剛毅超過俞大猷。
大猷老成持重穩健，戚繼光則如飙風閃電迅捷威猛，多次摧毀強倭，其名氣更在俞大猷之上。
隆慶初年，因薊州鎮屢有邊患，給事中吳時來請召俞大猷、戚繼光專門訓練邊兵。
兵部讨論結果是僅用戚繼光，于是召戚繼光為神機營副将。
正逢譚綸在遼