彈劾高拱最為積極。
徐階對于高拱的争辯，草拟命令加以安慰挽留，卻沒怎麼譴責造輿論的人。
高拱更加惱怒，他們在内閣相互怨恨、誣蔑。
禦史齊康替高拱彈劾徐階，被罷免。
因此輿論沒有一天不談論高拱，南京科道官以至于拾遺官都論及他。
高拱自感不安，請求辭職，于是以少傅兼太子太傅、尚書、大學士身份離職養病。
隆慶元年(1567)五月，高拱因為曾為皇帝先生蒙寵愛，然而性情倔強剛直自負，快意處置恩怨，終于不安于此職位而離去。
不久徐階也請求辭職退休。
隆慶三年(1569)冬，皇帝召用高拱任大學士兼管吏部。
高拱完全與徐階反其道而行，凡是先朝治罪而因遺诏被錄用并作安撫的大臣，一概罷免。
并上奏極言闡述“：明倫大典頒布很久了。
現在任職的大臣假托诏書，凡是議論禮儀被治罪的人都被褒獎，這将使獻皇在廟之靈怎樣能宴享，先帝在天之靈怎麼能得到思念？而且皇上年節入宗廟祭祀，又怎樣面對二聖？我認為不能這樣做。
”皇帝頗為贊同。
法司審理方士王金等人子殺父案。
高拱又上奏：“君王死于非命，不能壽終正寝，這種聲名很不好。
先帝在位四十五年，享年六十多歲，晚年患病，過了一年去世，壽數到了，并沒有驟然的暴病。
現在稱王金謀害，誣蔑先帝不是壽終正寝，天下百姓和後世的人将把先帝看成怎樣的君王呢？請求下令法司更改議意。
”皇帝又贊同了高拱的意見，命将王金等人減罪戍邊。
高拱複出，專門同徐階制造矛盾，所議論的事都希望能中傷和加重徐階的罪行。
幸賴皇帝仁慈懷柔，沒讓他終了。
徐階的子弟橫行鄉裡。
高拱任命以前的知府蔡國熙做監司，将他的子弟立案偵查，都編入邊兵軍籍。
所有遏制徐階的事，沒有不做的。
等到高拱離職，徐階才得解脫。
高拱對政體熟谙，有經時濟世的才幹，所有建議、陳述都可以實施。
他在吏部，想全面鑒識人才，讓各部門登錄官員情況，讓他們選定賢愚者，記下爵位籍貫姓氏，每月索要每年的彙編，倉促舉薦任用人，都能得到人選。
又因為當時正憂患邊防，請增設兵部侍郎