，以為總督的後選人，由侍郎到總督，由總督到本部尚書，中外更替，邊将之材自然充裕，而兵事是專門的學問，沒有經常的訓練不能應付兵事。
蓄養帥才，應該從兵部司屬開始。
應該慎重挑選司屬，多多求得擁有智謀、才幹和體能，通曉軍旅事務的人，長任其職，不要調往其他部門。
日後邊關的兵備和督撫的人選，都将從此選取。
更應相應選取邊疆的人給司屬做準備，像考核部門分行省考核官員一樣，這樣上下之間就不會有矛盾，同時注重賞罰，以資鼓勵。
所有邊疆有司，職責很重，不适宜讓非正途的官員和貶谪者去任職。
皇帝都答複可行，拟成命令。
高拱又奏請把科貢和進士一起任用，不遵循資格。
他考察部中情況，大多錯綜複雜，不是全憑文書做出罷免提升，也不拘泥人數多少，必定告訴罷免者緣由，讓衆人都信服。
古田瑤出現賊亂，任用殷正茂為兩廣總督。
解釋：“此人雖然貪心，卻可以辦成事。
”貴州撫臣上奏土司安國亨将要叛亂，高拱任命阮文中代理貴州巡撫。
臨出發時對他說“：國亨必定不會叛亂，你去，不要激發變亂。
”不久正像他所說。
因為廣東省司大多貪财，特意奏請表彰廉潔能幹的知府侯必登，以便肅治其他人。
又說馬政、鹽政的官吏，名義上是卿、是使節，實際上視他們為清閑的人。
誤人壞事，漸漸不能教誨。
隻有教導官府驿道諸司，職位低俸祿少，路途遙遠較為困難。
适宜注重從當地選拔官員，體恤他們的私情。
皇帝下诏同意施行。
高拱所經辦的，都是這類事。
俺答的孫子把漢那吉前來歸降，總督王崇古接納了他，向朝廷禀報，請求給他封官。
朝中意見大多數認為不行，高拱與張居正極力主張授官。
于是排除衆議向皇帝奏請，使封官的事辦成。
事情詳見崇古傳。
晉升高拱為少師兼太子太師、尚書大學士，改居建極殿。
高拱認為邊境稍稍安甯，擔心将士懶惰散漫，又奏請特敕邊地大臣借此空閑時，嚴格整頓，仍然常常派遣大臣去視察。
皇帝都聽從了他的意見。
遼東傳來捷報，晉升高拱為柱國、中極殿大學士。
不久考察科道，高拱奏請同都察