院共同辦理。
當時大學士趙貞吉負責都察院，意見略有差别。
給事中韓楫彈劾貞吉有隐私。
貞吉懷疑高拱唆使，于是上書彈劾高拱，高拱也上書争辯。
皇帝不喜歡貞吉，命令他離職退休。
高拱驅逐了貞吉，更加專橫。
尚寶卿劉奮庸上書密告他，給事中曹大禁上奏彈劾他十件不忠的事，都被貶斥到京都之外。
高拱開始操行清廉，後來他的門生，親戚常被傳聞受賄，遭人議論，皇帝始終寵愛高拱不減。
起初高拱任祭酒，居正任司業，互相友善，高拱極力稱贊居正的才能。
等到李春芳、陳以勤都離去，高拱擔任了首輔，居正比肩伴随。
高拱性格直爽而且傲慢，同官殷士儋等人不能忍受，唯獨張居正退讓處其下，高拱沒有察覺。
宦官馮保，性情狡黠，依次當為司禮右監。
高拱推薦陳洪和孟沖，皇帝聽從了，馮保因此怨恨高拱，張居正與馮保交情深厚。
六年春(1572)皇帝患病，病情加重時，召見高拱、張居正、高儀接受遺命而後去世。
起初，皇帝的遺命隻讓内閣大臣執政，但宦官篡改遺诏命令他們與馮保共事。
神宗即位，高拱因為皇帝年幼，苦于宦官專政，分列條目奏請皇帝抑制司禮監，把權力交還給内閣。
又命令給事中雒遵、程文一起上書皇帝攻擊馮保，自己從中拟定聖旨驅逐他。
高拱派人報告張居正，居正表面同意，私下告訴了馮保。
馮保向太後投訴，稱高拱擅權不能容忍，太後點頭同意。
第二天召集大臣們進宮，宣告兩宮和皇帝的诏書。
高拱心想必定是驅逐馮保，急忙進宮，等到宣讀诏書，卻是列舉高拱罪狀并驅逐他。
高拱倒在地上不能起身，居正把他扶持出宮，雇騾車從宣武門送他離去。
居正與高儀奏請挽留高拱，未獲批準。
請求給予高拱乘用驿站車馬，批準同意。
高拱走後，馮保的不滿未消。
又捏造王大臣案，想株連高拱，不久，事情終止。
高拱在家中呆了幾年後死去。
居正奏請恢複高拱的官位使祭葬照前例。
宮中下旨給他半葬的禮儀，祭文仍然作貶損語。
很久之後，朝廷議論高拱的功績，追封他為太師，谥号文襄，蔭庇他的嗣子務觀為尚寶丞。