漕運的運河貫通，居正認為歲賦征收時間超出春季，發水就四方橫溢，不是決堤就是幹涸，于是采納漕臣的建議，督促水兵在孟冬月份着手交稅運送，到年初全部發運完，少遭水患之災。
推行此法很久，太倉的糧食豐盈，可以享用十年。
互市上馬匹豐饒，于是減少太仆的種馬，指令百姓依價格交納銀兩，太仆也積累四百多萬銀兩。
還制訂考成法督導吏治。
開始，部院反奏報地方巡視考察情況，曾經拖延不上報。
居正下令以大小緩急為标準，誤事者治罪。
從此，一切人都不敢掩飾過失，政治體制整肅。
南京的小宦官醉酒後侮辱給事中，輿論請求追究懲治。
居正将最激進的趙參魯貶出京城以便取悅馮保，再慢慢勸說馮保制裁，抑制他的黨羽，不要同六部摩擦。
奉命行事的人，也不時指令錦衣衛暗中刺探他們。
馮保的黨羽因此怨恨居正，而且内心也不依附馮保。
居正認為禦史在京城之外，往往淩辱撫臣，因此想大加整治。
一件事稍微不合意，随即辱罵譴責，甚至下令他們的上司進行考察。
給事中餘懋學奏請施行寬大政策，居正認為是諷喻自己，革去了他的職務。
禦史傅應祯繼續申訴此事，更加迫切，被投入诏獄，杖責後遣往邊關。
給事中徐貞明等人一起到監獄，并帶了些飯食去探視，也被逮捕貶出京城。
禦史劉台巡視遼東，誤傳捷報。
居正引用先例繩治他，劉台上書稱居正專橫枉法，居正非常惱怒。
皇帝替居正将劉台打入诏獄，命令杖責百次，然後遣往遙遠的邊關。
居正公開奏請挽救，隻剝奪他的官職。
不久，劉台終于還是被遣送邊關。
因此，各位給事禦史更加敬畏居正，但心中卻憤憤不平。
當時，太後認為皇帝年幼，很尊重禮遇居正，同事呂調陽不敢論及異同。
等到吏部左侍郎張四維進入内閣，恭敬謹慎得如同屬官，不敢自視為同僚。
居正喜好建樹，能憑智術駕馭屬下，人們大多數樂于為他效力。
俺答求和于關塞，很久沒有為害。
隻有小王子的部屬十多萬人，向東北至遼左，因互市沒有被開通，屢次入侵。
居正任用李成梁鎮守遼省，戚繼光鎮守薊門。
李成梁奮戰打退敵寇，功勞大得足以加封伯爵，而戚繼光也設置了很好的防範。
居正對他們都加以親近信任，邊境局勢得以安然。
兩廣督撫殷正茂、淩雲翼等人也有多次破兵的功勞。
浙江兵卒和百姓一再發難，他任用張佳胤前往安撫就得以平定，所以世人稱居正知人善任。
然而他執法嚴厲。
核實驿道、裁減冗官、清理學校，澄清和淘汰的都很多。
他說公卿和普通小吏不能乘坐驿站的車馬，與商旅沒有差别。
因為部署缺少的、需要次之的地方不能候補，大城鎮的士子名額少，進取仕途很艱難，也有很多怨恨他的人。
當時太平日久，衆盜匪蜂起，以至于進城入市搶劫府庫，有司常常隐諱這事，居正嚴格禁令。
隐匿不舉報的人，雖然是良吏也必定罷免。
捕獲盜匪立即斬殺，有司不敢掩飾情況。
盜竊沿海錢米數額很多的人，慣例都斬殺，然而往往長期監禁或者死在獄中。
惟獨張居正立即斬殺他們，而且追捕他們的家屬。
盜賊衰減。
但是覺得執行不便的人，都對他有怨言，居正也不加理會。
慈聖太後将要返回慈甯宮，告訴居正“：我不能朝夕看着皇帝，擔心他不像從前那樣求學、勤于政務，有負先帝的囑托。
先生負有師保的職責，與大臣們不同。
你替我朝夕教誨，用德輔佐我，盡你與先帝憑幾的友誼。
”于是賞賜他坐蟒官服、白銀、彩币。
不久，遭遇父親喪事。
皇帝派遣司禮宦官慰問他，送給他粥藥，勸居正節哀，問候的人在道路上絡繹不絕，三宮贈送的喪禮禮品很豐厚。
戶部侍郎李幼孜想阿谀居正，倡議喪期未滿、強令出仕，居正為此動心。
馮保也堅決挽留居正。
衆翰林王錫爵、張位、趙志白牛、吳中行、趙用賢、習孔教、沈懋學等都認為不行，居正不聽。
吏部尚書張瀚因為滞留了皇上勸居正留任的聖旨，被驅逐。
禦史曾士楚，給事中陳三谟等接着上書請求挽留張居正