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吳中行、趙用賢和員外郎艾穆、主事沈思孝、進士鄒元标相繼争議此事。
都被處以廷杖責罰，分别遭貶職。
當時有彗星從東南方出現，與天長長相連。
人情激昂，目光都指向居正，以至于在交通要道懸挂诽謗書。
皇帝下诏告誡群臣，再論及此事的人格殺無赦，诽謗才終止。
因此派張居正的兒子編修張嗣修與司禮太監魏朝騎快馬代替張居正主持喪葬，禮部主事曹诰負責祭祀，工部主事徐應聘負責葬禮。
居正上奏請求不上朝，穿青衣、白孝服、角帶進内閣主持朝政，講讀經書，并且奏請辭謝年薪。
皇帝同意了。
等到皇帝舉行婚禮，張居正穿吉祥的服裝行事，給事中李涞說他違背禮儀，居正發怒，把他貶為佥事。
當時皇帝對張居正很器重，經常賞賜居正禦書，稱他為“元輔張少師先生”，用師禮待他。
張居正請求回鄉安葬父親，皇帝派尚寶少卿鄭欽、錦衣指揮史繼書護送，約定三個月時間，葬禮結束立即返回。
雖然如此，皇帝還是指令撫按大臣們提前策馬前去送達皇帝的催促诏書信。
鑄“帝赉忠良”銀印賞賜給他，如同楊士奇、張孚敬一樣，得到密函論事的特權。
皇帝告誡次輔呂調陽等人“有大事不要專斷，由驿馬傳到江陵，聽任張先生處理”。
張居正奏請擴充内閣成員，皇帝下诏指令居正推薦。
居正就推薦禮部尚書馬自強、吏部右侍郎申時行進入内閣。
馬自強一向抵觸張居正，沒料想到此事，很感激居正，而申時行與張四維都自覺與居正親昵。
居正就安心離去。
皇帝和兩宮對他賞賜安慰有加，派遣司禮太監張宏在郊外設宴為張居正餞行，朝廷衆臣僚屬列隊相送。
所有經過的地方，有司安排好食宿，整治道路。
遼東奏報大捷，皇帝又歸功于居正。
派使者騎馬奔告，讓他确定封賞等次。
張居正條列分明地予以上報。
呂調陽更加自慚，堅持卧病，多次上書請求退休。
張居正稱母親年老不能經受炎暑，奏請等待清涼的時候上路。
因此内閣、兩都院寺卿、給事中、禦史都上奏章，請求促張居正迅速返回朝廷。
皇帝派遣錦衣指揮翟汝敬騎催快馬迎接。
皇帝計日以待；指令宦官護衛老夫人在秋天從水路走。
張居正經過的地方，守備大臣都行長跪禮，撫按大吏越界迎送，擔當前驅。
路過襄陽，襄王出來迎候，邀請居正赴宴。
先例，雖然公侯拜見襄王也行臣子禮，張居正卻受出迎和宴請的禮遇。
經過南陽，唐王也如此。
抵達京都郊外，皇帝下诏派遣司禮太監何進設宴慰勞，兩宮也各派遣大宦官李琦、李用宣讀谕旨，賞賜他八寶金釘川扇、禦膳、餅果、酒，朝廷衆官又列隊迎接。
進殿朝拜，皇帝誠摯地慰勞了他，批準他休十天假後再進内閣，賞賜他白銀、彩币、寶鈔、羊酒，順道帶他拜見兩宮皇太後。
秋天，魏朝侍奉張居正的母親上路，随從的儀禮煊赫，圍觀的人密集得像牆。
抵達京城，皇帝和兩宮皇太後又加倍賞賜财物，慰問居正母子，幾乎像對待自家人。
當時皇帝逐漸備辦六宮賜物，太倉提供的錢财很多。
張居正就戶部呈皇帝過目的清單發表意見，稱每年太倉入不敷出，奏請皇帝坐下休息時抽空浏覽一下清單，量入為出，節省過量的開支。
奏章送去，皇帝留了下來。
皇帝又命令工部鑄造錢币支付開支，居正認為獲利抵不上耗費制止了此舉。
勸谏的官吏奏請在蘇、松地區停止織造活動，皇帝不聽。
居正為此當面向皇帝奏請，才同意減去大半。
他還奏請皇帝停止修建武英殿，以及裁減對外戚升官的恩惠，皇帝多數違心地順從了他。
皇帝到文華殿，居正侍講讀完畢，告訴皇帝給事中呈送的有關災害的奏章，請求赈濟。
他又說：“皇帝愛民如子，但是有司們在外損公肥私，盤剝百姓欺騙皇帝，應該依法嚴懲。
皇上努力節省，把宮中的一切開支、服飾、賞賜物、布施品，裁減或禁止。
”皇帝點頭同意，對一些地方稅糧予以蠲免。
居正認為江南的貴族豪強仗勢違法、奸詐狡猾的官吏和百姓長于拖欠賦稅，挑選精悍的大官吏嚴格督導責罰。
賦稅因此按時輸送，國