。
于是在大同牛心山等處修築了九座堡壘，九十二個墩台，連接左衛高山站，以便聯絡鎮城。
開掘了兩條大溝，各長十八裡，開掘小溝六十四條。
耗費五十天時間完工，受到嘉獎賞賜。
皇帝幾度想将楊博召回，又顧慮邊疆，便詢問嚴嵩。
嚴嵩一向不喜歡楊博，奏請任命他為江東署理部事，等待秋防完畢後再慢慢計議，于是不召楊博。
秋防完畢，加封為太子太保，依然留任鎮守。
口孛索把伶和反叛了的都記等幾度擁輕騎襲擾邊關，楊博先後設計擒獲了他們。
并幾次派出騎兵襲擊敵寇，敵寇稍稍遷移了營帳。
于是楊博倡議修築前總督翁萬達所創設的邊牆，招回被敵寇劫掠過的内地民衆一千六百多人。
又奏請疏通宣府、大同荒田的水利設施，少征租稅。
朝廷準奏。
改任薊遼總督。
秋防完畢，廷議打算召回楊博，吏部尚書吳鵬不贊成。
鄭曉署兵部，争辯道：“楊博在薊、遼則薊、遼安定，在兵部則九邊都得平安。
”于是被召回，加封少保。
皇帝很擔憂邊關，楊博每每事先布署好防務，皇帝倚重他如左右手。
曾對内閣大臣講：“自從楊博入朝，我常常憂慮邊關，與楊博談話讓他預先謀劃。
”楊博進言“：當今九邊，薊鎮最重要。
奏請敕令邊臣驅逐大同的敵寇，使他們不能接近薊，宣、大諸位将領從獨石偵察情況，在黃花、古北諸要害預先設防，不使一騎入關，便是首功。
”皇帝稱是。
嘉靖四十二年(1563)十月，敵寇擁衆窺視薊州，聲稱要進犯遼陽。
總督楊選率師東進，楊博傳檄制止。
又親自給他寫了三封信，楊選最終沒有聽從意見。
楊博撫摩着案幾歎息“：敗了啊！”緊急征兵增援，敵寇已擊潰牆子嶺守軍，進犯通州。
皇帝歎息“：庚威望戌年(1550)的事情又重現了。
”幾路兵馬先後趕到。
任命宣、大總督江東統帥文武大臣分路駐守皇城、京城，鎮遼侯顧寰把京營兵分布在城内外。
敵寇化解後向東而去，蹂躏順義、三河，大肆劫掠之後退去。
援兵不發一箭，沿途擊斃零散的敵騎或傷殘之敵報稱首功。
皇帝怏怏不樂，告訴楊博說：“敵賊飽掠而去，以後怎麼懲戒？”便誅殺了楊選。
楊博擔憂自己，徐階全力保護了他。
皇帝念及楊博以