前的功績，沒有治罪。
此後很久，改任吏部尚書。
隆慶元年(1567)，奏請遵循先帝的遺诏，錄用曾因勸谏而被治罪的大臣們，死者都受贈賜撫恤。
當時統計衆吏，山西人沒有一人被罷免。
給事中胡慶嘉彈劾楊博庇護同鄉，楊博接連上疏請求退休。
朝廷撫慰挽留，而且對輿論進行了駁斥。
在一品官任上三次滿考後，升為少傅兼太子太傅。
皇帝打算巡遊南海子，楊博率領同僚勸谏。
禦史詹仰庇因直言被罷免，楊博進行了争辯。
屯鹽部禦史龐尚鵬遭議論，楊博提議挽留他。
違背了聖意，于是稱病歸鄉。
尚書劉體乾等遞交奏章請求他留住，沒有聽從。
大學士高拱執掌吏部，舉薦楊博堪為将才。
皇帝下诏令他任吏部尚書兼理兵部的事務。
陳述薊、昌戰守的方針策略，稱“：言官認為居守城牆是膽怯，言論可以聽聽，其實沒有什麼效果。
在牆外迎擊，害占七成利為三成；在牆内格鬥，利占一成害為九成。
憑借城牆據守，稱為先抵戰場等待敵人。
名義稱守，實際上是戰。
我任部督，曾抗拒打來孫的十萬之餘，認為應當毫無疑慮地據守城牆。
”因此陳述明确呼應與援、申明駐守、安排京營、曉谕少數部族、修正内治等事，皇帝全都聽從了。
楊博魁梧肥壯，遇事能安閑處置，有膽識、有度量。
出入朝廷四十多年，始終以兵事著稱。
隆慶六年(1572)，高拱罷官，于是改派楊博負責吏部，晉升少師兼太子太師。
第二年秋天，患疾病，多次請求辭官歸鄉。
過了一年去世。
贈封太傅，谥号襄毅。
高拱主持朝政時欲使徐階陷入危險的禍難，楊博拜訪高拱盡力替他解脫。
高拱也被感動，事情才算完結了。
此後張居正排擠了高拱，準備周密地羅織他的罪狀，楊博毅然抗争。
等到興起王大臣獄案，楊博與都禦史葛守禮到張居正處盡力替他解脫。
張居正憤懑道“：二公說我對高公有成見耶？”楊博回答“：不敢如此，但是除了您無人能有回天術。
”遇上皇帝任命守禮和都督朱希孝聯合審訊，楊博暗中替他謀劃計策，唆使校尉恐吓王大臣翻供；又指使高拱的仆人混雜在人群中，指令王大臣識别，卻茫然不能分辨，事情才弄明白。
人們因此稱楊博為長者。