史曹溶、給事中黃雲師又稱不應該任用他。
皇帝不聽，任命他為南京禮部左侍郎。
福王立位，他晉升為本部尚書。
當時尊奉福恭王為恭皇帝，準備商議廟祀，顧錫疇奏請另外設立專門的廟宇。
不久，請求增補建文帝的廟祀谥号、景皇帝的廟号和建文朝忠臣的贈封與谥号，皇帝都依從了他。
東平伯劉澤清稱“：宋高宗在南京即位，立刻在靖康二年(1126)五月确立建炎紀元，遵從民衆的願望。
我請求從今年五月改為弘光紀元。
”顧錫疇明确地說诏令已經頒布，不能追悔更改，才作罷。
當時确定大行皇帝的廟号為思宗，忻城伯趙之龍稱“思”不是美稱，引經據典核證，顧錫疇也認為如此，上奏請求更改。
大學士高弘圖因為前面的提議是自己提出的，極力堅持，于是事情沉寂。
溫體仁去世，特别谥号文忠，而文震孟、羅喻義、姚希孟、呂維祺都沒有獲得谥号。
顧錫疇稱：“溫體仁獲得皇帝信任，行使政令最為專橫而且長久，他對先帝所負的罪最大而且深重，請求将文忠谥号，或者删削或者更改，而增補文震孟等大臣的谥号，使普天下獎懲有度。
”答複可以。
于是增補諸臣的谥号，剝奪了溫體仁的谥号。
吏部尚書張慎言離職，頂替的人徐石麒沒有到任，皇帝命令顧錫疇負責事務。
當時馬士英掌握國政，顧錫疇一向與他不和。
給事中章正宸、熊汝霖彈劾他，于是他請求到南海去祭祀而離去。
第二年春天，禦史張孫振極力頌揚溫體仁的功績，請求恢複他原來的谥号。
便勒令顧錫疇退休。
南都失守，顧錫疇的鄉裡也被攻占。
當時正遭遇父親的喪期，他由小路赴福建。
唐王命令他就任原職，他極力推辭，在溫州江心寺寓居。
總兵賀君堯鞭撻侮辱諸生，顧錫疇打算對他進行彈劾。
賀君堯乘夜色派人殺害了他，将屍體投入江中。
溫州人尋找了多天，才将他入棺葬殓。