？”诏令依從他。
萬曆二十二年(1594)三月，便命令詞臣分類編纂，由陳于陛和尚書沈一貫、少詹事馮琦擔任副總裁，而内閣大臣任總裁。
當年夏季，首輔王錫爵辭職，于是任命陳于陛兼任東閣大學士入閣參與機要事務。
上奏陳述要皇帝親近大臣、錄用遺老賢士、獎勵京城之外的官吏、核查邊關糧饷、儲蓄将才、選任邊防官吏等六件事。
最後說：“肅皇帝雖然精明，而末年卻貪贓渎職成風，邊疆多事，是厭倦勤政的緣故。
現在皇上一方操持，百職不修行，不趕緊圖謀更新，往後将怎能平安？”皇帝下優诏答複他，卻不采用他的建議。
皇帝以軍政失察為名，斥責了兩都三十多名言官。
陳于陛與同官一再申訴救助，并單獨奏疏請求皇帝寬恕，都不接納。
因甘肅擊敗賊民的功績，加封為太子少保。
乾清、坤甯兩宮遭災，奏請面奏皇上，沒有答複。
請求罷免自己官職，皇帝也不同意。
當年秋季，二品的考績滿了三年，改任文淵閣職責，晉升為太子太保。
當時内閣的四個人，趙志臯、張位、沈一貫與陳于陛都是同年出生，遇事彼此沒有龃龉。
但是皇帝拒絕勸谏更加嚴重，上下彼此隔膜。
陳于陛憂形于色，因不能進行補救，在供職的地方多次注視日影歎息。
萬曆二十四年(1596)冬季，病逝在職任上，史籍之事也最終作罷。
贈封少保，谥号文憲。
整個明代，父子任過宰輔的，隻有南充的陳氏。