沈鯉，字仲化，歸德人。
祖父沈瀚，任過建甯知府。
沈鯉，嘉靖年間鄉試中舉。
師尚诏叛亂，攻占歸德，而後向西逃去。
沈鯉謀思賊民必将再來，急忙告誡駐守大臣，捕殺城中與賊民勾通的人，嚴加防守。
賊民返回，逼近城池，看見有了防備便離去了。
有奸人倡議屠城，準備驅逐劫掠城中居民，沈鯉請求下令阻止，民衆這才安定。
嘉靖四十四年(1565)，考中進士，改任庶吉士，授職為檢讨。
大學士高拱，是他的主考官和同鄉，在外以禮序見，但未曾因私事拜訪。
神宗在東宮的時候，沈鯉任講官，神宗曾經指令諸位講官在扇子上書寫文字。
沈鯉書寫了魏卞闌的《太子頌》進奉，神宗要他很詳盡解釋大義。
神宗做了贊美，使他備受寵愛。
當神宗即位，因為在東宮任幕僚的恩惠，晉升為編修。
很快晉升左贊善。
每次秉直講授，舉止端莊雅正，陳說的事情獨合皇帝的心意。
皇帝極為稱賞他。
他接連遭受父母逝世的打擊，皇帝多次詢問沈講官在哪裡，又詢問喪服期滿了沒有，指令讓他先補任講官。
萬曆九年(1581)，返回朝廷。
按理應該暫停講授，皇帝特意命令延長一天，以示對他特别優厚。
第二年秋天，晉升為侍講學士，再升任禮都右侍郎。
不久改任吏部職，升任左侍郎。
摒絕私交，推舉賢士不使人知曉。
萬曆十二年(1584)冬季，任命為禮部尚書。
離六品官任才兩年就做了正卿。
不負衆望，當時的輿論沒有認為他升官太快。
此後很久，《會典》撰成，他被加封太子少保。
沈鯉起初做翰林官時，宦官黃錦攀同鄉送錢币給他，他拒不接收。
教導于内書堂，侍講經筵，都多次與大宦官接觸，未曾同他們交往。
等到官階愈高，更加不與他們勾連，即使皇上下令以及政府的旨意，他也沒有徇私順從。
萬曆十四年(1586)春季，鄭貴妃生了兒子，加封為皇貴妃。
沈鯉率領僚屬請求冊封皇長子，進而加封他的母親，神宗不同意。
不久，他又以此勸谏，并請求寬恕因為建議立儲遭貶官的姜應麟等人。
違背聖旨，被痛加責備。
神宗已對群臣的冊立請求一概拒絕，于是下诏稍候二三年再說。
到了萬曆十六年，預定的時間已到，沈鯉拿着先前的聖旨堅持請求，神宗又不依從。
沈鯉一向正直、光明。
他在禮部主持典禮，有許多建議。
考慮到時俗的侈靡，考察先朝的典禮制度，從喪祭、冠婚、宮室、器服來确定國家的制度，頒行全國。
又因為士人的習尚不端正，請施行學政八件事。
又奏請恢複建文的年号，重新審定《景帝實錄》，不要稱成阝戾王。
大同巡撫胡來貢提議将北嶽的