祭祀移到渾源，他極力駁斥他沒有根據。
太廟的祭祀，請将親王和諸位功臣移到兩邊的廂房，不要與皇帝、皇後混雜祭祀。
将世廟的諸位葬在金山的妃子，配祭于永陵。
各位帝陵的祭祀，請求分别派遣官員不要兼任。
諸王和妃子的墳祝版稱謂不相配的，請全部重新确定。
神宗擔憂旱災，前往郊壇祈禱，議論分别派遣大臣到全國的名山大川祈禱。
沈鯉勸谏，說使臣往來滋擾，恐怕又加重百姓負擔，奏請皇帝齋戒三日，用文告授予太常負責此事，罷除寺觀的祈禱，神宗大都同意了他的奏疏。
鄭貴妃的父親成憲為父親請求撫恤，援引皇後的父親永年伯為例子，沈鯉極力駁斥。
诏令給與五千金的葬禮費，沈鯉又稱過多了。
順義王以三娘子為妻請求加封，沈鯉不給予她妃号，隻稱夫人。
道教真人張國祥稱肅皇在位長久，是虔誠信奉玄學修煉的結果，勸神宗效法，沈鯉彈劾國祥是诋毀聖祖誘導阿谀，請求将他以刑辟正法。
事情也就中止了。
秦王誼漶原是由中尉即位，卻請求封他的弟弟任郡王，中貴們替他請求，申時行也幫助他，沈鯉不同意。
唐王府違反定制請求冊封妾的兒子，他堅持不同意，神宗都以特别聖旨予以批準。
京師長期幹旱，沈鯉陳述恤民的實政根本在于以推崇節儉戒除奢靡，并請求減少織造。
不久，京師發生地震，又請求神宗謹循天戒，體恤百姓的貧窮。
京郊大荒，他奏請皇上臣下多交流，話語很懇切。
皇帝因為四方的災難，敕令朝廷大臣反省，沈鯉于是奏請大量減少營造的供給，以赈濟、救助百姓。
神宗常常嘉許并接納了。
起初，藩府有事奏請，賄賂中貴為内援，禮部大臣不敢違背，動辄如其所請。
到了沈鯉執政時，一概阻隔。
得勢的宦官都很怨恨，多次借事端在皇帝面前挑撥。
神宗漸漸開始生疑，多次責難他，并剝奪了他的俸祿。
沈鯉從此有了辭退的想法。
而且申時行懷恨沈鯉不依附自己，也忌恨他。
一天，沈鯉請求告退，他便草拟旨令放他回鄉。
神宗詢問“：沈尚書是位好官，怎麼讓他離去？”傳旨告谕他留任。
申時行更加忌恨。
他的私交給事中陳與郊替别人求考官的職位沒有得到，怨恨沈鯉，囑咐同官陳尚象彈劾沈鯉。
陳與郊又以險惡之言攻擊沈鯉，沈鯉更加請求辭職。
神宗有意要重用沈鯉，暗地說：“沈尚書不通曉人意。
”有位老宮人的侄子是宮内小宦官，他跑去告訴沈鯉；司禮張誠也囑咐沈鯉的同鄉宦官廖某秘密地告訴了他。
沈鯉一概拒絕了，說：“禁宮中的話，不是我敢聽的。
”他們都恨恨而去。
沈鯉最終多次上奏稱病回鄉。
多次被推舉入内閣或吏部尚書，都沒被