賀。
神宗賞賜禦食，司禮太監陳矩侍候，小太監多次往來竊聽，并執筆等候。
沈鯉極力陳述礦稅危害百姓的情況，陳矩聽後也覺得凄慘。
沈鯉進一步說“：礦使派出後，将天下名山大川的靈氣破壞殆盡了，恐怕對聖體不利。
”陳矩歎息着回去，詳細向皇帝述說了。
皇帝驚悚，派遣陳矩向沈鯉咨詢補救的辦法。
沈鯉說“：沒有别的什麼，趕緊停止開鑿，則靈氣自然恢複。
”皇帝聽了後點頭同意。
沈一貫擔心沈鯉獨占功勞，趕緊草拟奏疏呈上。
皇帝不高興，又終止了此事。
然而過了一個月又下達了停止礦稅的命令，這是沈鯉的努力呀。
沈鯉遇事秉正不屈服。
被沈一貫壓抑，志向得不到全面實現。
而此時沈一貫多次被議論，稱病閉戶，沈鯉得以處理内閣事務。
皇孫出生，诏令大赦天下。
宦官請求征收茶蠟和過去的拖欠，沈鯉認為這有悖于聖上旨意，再次上奏，最終停止了這件事。
皇帝的乳母翊聖夫人金氏，她的丈夫任都督同知，死後，請求由侄子繼任。
沈鯉稱都督不是世襲的官職，事情才作罷。
真人張國祥稱皇孫的誕生，自己有祝願賜予的功勞，請求三代享有皇帝的賜令并且世襲詹事主簿。
沈鯉極力斥責他的荒謬，于是賞賜給他金币。
神宗聽信宦官之言，準備考察核實京郊的牧地，诏谕沈鯉撰寫敕令。
沈鯉勸谏“：近年來，百利的源頭，都被朝廷掌握，我經常擔憂事情到了極點産生變故。
況且這些牧地，難道真的有豪右隐瞞新開墾地沒科稅？奸民的傳言，未必值得相信。
”事情遂得終止。
雲南的武弁殺了稅使楊榮。
皇帝很惱怒，準備派遣官員将他們逮捕懲治。
沈鯉詳細陳述了楊榮的罪狀，請求誅殺帶頭殺楊榮的人，而寬免其他的人，于是果然沒有廣泛拘捕。
陝西稅使梁永請求負責鎮守的事務，也因為沈鯉的勸谏作罷。
遼東稅使高淮假借進貢的名義，率領所統領的兵丁來到京師城門。
沈鯉半夜密奏此不能行，皇帝下诏指責高淮而阻止了他。
當時沈一貫雖然稱病閉門在家，而奏章大多送到家中由他拟旨，沈鯉極力數說這沒有先例。
沈鯉既然與沈一貫積怨，沈一貫即将離職，顧慮沈鯉在職，給自己留下後顧之憂，想與他一起離開内閣，秘密傾覆他。
神宗也嫌沈鯉剛正，趁着沈鯉請求退休，于是指令他與沈一貫一起退休。
朱赓上奏請求挽留沈鯉，沒有答複。
抵家後，他上奏答謝，仍然極力陳述懈怠政務的弊端，顯明進取規章。
他八十歲時，神宗派官去探視，賞給他銀兩。
沈鯉上奏答謝，又陳述當時政治的要務。
又過了五年沈鯉去世，享年八十五歲。
贈封為太師，谥号文端。