于慎行，字無垢，東阿人。
十七歲時，鄉試中舉。
禦史想在為新舉子舉行的宴會上為他加冠，他以沒得到父親的許可而推辭了。
隆慶二年(1568)，考中進士。
改任庶吉士，授職為編修。
萬曆初年，《穆宗實錄》撰成，晉升為修撰，擔任日講官。
先朝成例，都是由翰林大臣負責日講，沒有涉及史官的事。
于慎行與張位、王家屏、沈一貫、陳于陛都是以史官身份參與日講，是為少見。
他有一次講課後，皇帝拿出宮藏圖畫，請講官分别題字。
于慎行不擅長書法，詩詞做成後，吩咐别人書寫好，并詳細地從實告訴了皇帝。
皇帝很高興，曾經大書“責難陳善”四個字賞賜給他，這在詞林詩界傳為盛事。
禦史劉台因為彈劾張居正被逮捕，同僚和朋友都躲避他，唯獨于慎行前往探視。
等到張居正服喪未滿奪情出仕時，他與同官便上奏勸谏。
呂調陽從中阻攔，沒能遞入宮中。
張居正聽說後惱怒，日後對于慎行說：“你是我所厚愛的人，也這樣做嗎？”于慎行從容自如地回答“：正是因為您厚愛我的緣故。
”張居正很不高興。
于慎行不久就稱病回鄉。
張居正去世後，他出任原職。
晉升左谕德，主持日講如故。
當時張居正已被追究論罪，侍郎丘木舜前往江陵抄家。
于慎行緻函給他，稱張居正的母親年老，諸位兒子在覆巢之下，颠沛流離值得同情，應該推及明主覆蓋之恩，成全大臣曾經侍候皇上的情誼。
話語極為誠懇真摯，當時的輿論也認為他是對的。
他由侍講學士晉升為禮部右侍郎。
又轉任左侍郎，改任吏部職，負責詹事府。
不久，升任禮部尚書。
于慎行明了典章制度，諸多大禮都是由他裁定。
在此之前，嘉靖中期孝烈後升格祭祀于仁宗的宗廟。
改換萬曆年号，穆宗升格祭祀于宣宗的宗廟。
于慎行稱不合禮節，撰寫《太廟祧遷考》，稱：“古代七廟制度，三座昭廟三座穆廟，與太祖廟合為七廟。
劉歆、王肅一道将高祖、曾祖、祖父、自己以及五世、六世分為三昭三穆。
兄弟相傳皇位，就在同一祭堂不同的