祭室，不能作為一世。
我朝，成祖既然是世室，與太祖都是百世不變的，則從仁宗以下算，必然經曆六世，此後三昭三穆才完備。
孝宗與睿宗是兄弟，武宗與世宗是兄弟，昭穆相同，不應該各為一世。
世宗升格祭祀，距離仁宗已有六世，不應該承祧仁宗。
穆宗升格祭祀，應該承嗣仁宗，不應該在宣宗的宗廟。
”他引用晉代、唐代、宋代的先例做依據，既言論分明，事情核實。
事情雖然未能施行，有識之人佩服他知達禮儀。
他又谏稱“：南昌、壽春等十六個王，世系的次序相距久遠，應該在别的陵園祭祀，不應該在太廟中祭祀。
”也沒有聽取他的意見。
萬曆十八年(1590)正月，上奏請求早日建立東宮，讓嫡長子出宮接受講讀教育。
到了冬季，又上奏請求。
皇帝惱怒，一再下嚴旨責難。
于慎行不為所動，第二天又勸谏“：冊立的事，由我部負責，我們不提，是罪過。
希望皇帝迅速決定大計，将我放歸鄉裡。
”皇帝更加不高興，責備他要挾皇帝，懷疑聖上，攪亂國家的根本，将他的同僚下屬都剝奪了俸祿。
山東的鄉試，預先傳說負責考試人的名字，事後果然如此。
言官便彈劾禮部官員，于是禮部官員都停發俸祿。
于慎行稱罪請求退休。
奏章接連呈上，皇帝終于答應了。
在家居住十多年，朝廷内外屢次舉薦，均不答複。
萬曆三十三年(1605)，才起用負責詹事府。
他上奏推辭，皇帝又沒有挽留他。
在家住了二年，朝廷推舉七人任内閣大臣，第一個就是于慎行。
诏令加封他為太子少保兼東閣大學士，入閣參與機要事務。
他再三推辭沒有被同意，才取道赴京。
當時于慎行已經患病。
到朝廷答謝，拜叩起身都不合禮儀，他上奏請罪。
歸鄉卧病在家，于是草拟遺疏，請求皇帝親近大臣，錄用閑置的人才，補充言官。
幾天後去世，享年六十三歲。
贈封太子太保，谥号文定。
于慎行的學問有師承源流，貫通百家之學。
神宗時，詞館中認為于慎行和臨朐馮琦的文章學識是當時最好的。