此廢除。
禮部主事聶雲翰疏論此事，李廷機觀望輿論的意向，糾察聶雲翰。
給事中袁懋謙彈劾他。
李廷機請求隐退，皇帝不允許。
當時内閣隻有朱赓一個人。
給事中王元翰等人顧慮李廷機入閣輔政，屢次暗中诋毀他。
萬曆三十五年夏季，朝廷推舉内閣大臣，李廷機果然參與其中。
給事中曹于忭、甯一韓，禦史陳宗契不同意。
相持了很久，最後條列上奏。
皇帝向來看重李廷機，任命他為禮部尚書兼東閣大學士，入閣參與機要事務。
李廷機多次推辭後才負責事務。
王元翰和給事中胡忻不斷攻擊他，皇帝剝奪了他們的俸祿，以安慰李廷機。
不久，姜士昌、甯焘又因為疏論李廷機被罷黜，群情更加激憤。
李廷機極力辯駁，請求罷免，又上奏陳述離職的十條理由，皇帝更加下谕令撫慰。
第二年四月，主事鄭振先疏論朱赓的十二條罪狀，并涉及李廷機。
李廷機多次上奏請求退休，閉門數月不出來。
輿論懷疑他僞裝，數十人交替上奏進行攻擊。
李廷機不斷請求離職，皇帝屢屢頒诏對他進行勉勵、挽留，并派鴻胪催他出來任職理事，他堅持卧床不起。
在家待命一年，摒絕外界，居住于荒廟之中，朝廷大臣依然有很多議論。
到了萬曆四十年(1612)九月，奏疏已上報了一百二十多次，于是向皇帝告辭，到都城外等待命令。
同官葉向高稱李廷機已經離去，不可以再做挽留，就加封李廷機為太子太保，賞賜路費，讓他乘驿車，由行人司派人護送回鄉。
在家住了四年去世。
贈封少保，谥号文節。
李廷機入閣六年，執政隻有九個月，沒有大的過失。
言官因為他與申時行、沈一貫等人相交甚為密切，所以紛紛彈劾驅逐他。
輔臣以傾軋受辱，摒棄數年而後離職，這在以前是沒有過的。
廷機輔政時，四川巡撫喬璧星銳意讨伐鎮雄安堯臣與貴州守将持議不決。
廷機力主撤兵，後來終究無事，輿論都贊賞他。
福建人自楊榮、陳山入閣後，因為語言難以明白知曉，有二百年再無人進入内閣。
這時李廷機與葉向高一同受命為閣臣，其後又有周如磐、張瑞圖、林釺、蔣德王景、黃景盼相繼入閣參予機務。