充言官等諸事，是朝廷大臣口幹舌燥所請求的，都杳無音信，難道陛下将我們的建議閑置一邊嗎？”皇帝好言回答，最終卻不施行。
等到皇帝因為“梃擊”的變故，在慈甯宮召見群臣時，吳道南才得以向皇帝當面緻謝，從此再也沒有獲得召見。
負責織造的宦官劉成死了，皇帝派他的黨羽呂貴前去護靈，呂貴唆使奸民挽留他自己督導織造。
宮中傳旨應許，命令閣臣草拟敕令。
吳道南與方從哲一起争辯，并且詢問奏疏的來源，奏請皇帝永遠杜絕宮廷直接下達奏疏的做法，皇帝不聽。
鄱陽原來沒有商稅，宦官出任稅使，在湖口設關征稅。
吳道南極力勸谏，稱沿湖的舟船沒有停泊之處，大都傾覆沉沒，請求皇帝罷除關卡，不要征稅，皇帝也不采納。
吳道南輔朝政不耍奸詭手法，在當時頗有名望。
丙辰年(1616)，他與禮部尚書劉楚先主持會試。
吳江的舉人沈同和是副都禦史季文的兒子，目不識丁，賄賂禮部官吏，與同鄉趙鳴陽的考舍聯号。
他首場考試的七篇文章，除了抄自坊刻本之外，都是趙鳴陽的手筆。
考榜發布，沈同和列第一，趙鳴陽也中了榜，京都民衆嘩然。
吳道南等人趕緊檢舉，皇帝下诏進行複試。
沈同和一天才寫成一篇文章。
将他交付法司審理，貶去戍守煙瘴之地，趙鳴陽也被除名。
在此之前，湯賓尹的科場舞弊案，實際上也是吳道南揭發的，他的黨羽對他側目相視。
禦史李嵩、周師旦便接連上奏疏論吳道南，而給事中劉文炳攻擊得尤為積極。
吳道南上奏争辯，請求退休，對劉文炳很有些冒犯。
劉文炳就極力诋毀他，禦史張至發也上疏助攻。
吳道南無法忍受，稱：“禦史彈劾内閣大臣，是其職責，卻沒有肆口謾罵的事。
因為我已使國體受如此之辱，請求皇帝立即将我罷免。
”萬曆皇帝對吳道南很是器重，将劉文炳罷出京城，剝奪了李嵩等人的俸祿。
禦史韓浚、朱土皆救助劉文炳，再次诋毀吳道南。
吳道南更加請求離去。
閉門一年，呈交了二十七篇奏疏，皇帝依然進行勉勵、挽留。
遇上繼母的訃告至京，皇帝便賜給他路費，派遣行人護送他回鄉。
天啟初年，因為皇帝廣施惠，他在家中被晉升為太子太保。
兩年後去世。
贈封為少保，谥号文恪。