，議論的人争相請求出動軍隊，王錫爵主張和平解決，與申時行的意見相合。
不久，他與同列争請冊立皇儲也不成，他關門閉戶請求回鄉。
不久因為母親年邁，接連奏請回鄉探親。
于是皇帝賜給他路費，派遣官員護送。
回鄉兩年，申時行、許國和王家屏相繼離開職位，有诏書催促、召見王錫爵。
萬曆二十一年正月，他返回朝廷，是成為首輔。
在此之前有聖旨，這年春季舉行冊立皇儲的大典，告誡朝廷大臣不要輕慢地陳請。
朝廷大臣鑒于張有德事件，都表現出沉默。
等到此，王錫爵秘密奏請皇帝決定大計。
皇帝派遣内侍将親手寫的诏書向王錫爵出示，想等待嫡系的兒子，命令将長子和兩個次子暫且一起分封為王。
王錫爵懼怕有失皇上的旨意，立即奉诏草拟谕旨。
但是他對外又顧慮公衆的輿論，于是勸谏：“漢明帝的馬後、唐明皇的王後、宋真宗的劉後都撫養諸位妃子的兒子為自己的兒子，請皇帝指令皇後撫育長子，則長子就是嫡系兒子，而且生母不必尊崇位号以緻壓制了皇貴妃。
”也拟谕旨呈送宮中。
同列趙志臯、張位都沒預先聽說。
皇帝竟然将前面的谕告下達給了禮官，下令馬上準備禮儀。
因此整個朝廷嘩然。
給事中史孟麟，禮部尚書羅萬化等人，集體到王錫爵的府第力争。
朝廷大臣和勸谏的人，奏章每天幾次呈上。
王錫爵與趙志臯、張位一起極力奏請皇帝追回先前的诏書，皇帝不依從。
不久，勸谏的人更多，而且嶽元聲、顧允成、鐘納陛、陳泰來、于孔兼、李啟美、曾鳳儀、鐘化民、項德祯等人将王錫爵攔在朝房裡，當面與他争辯此事。
李騰芳也上書王錫爵。
王錫爵奏請在朝廷商議，皇帝不同意。
他奏請當面陳述，沒有答複。
于是他自己彈劾自己的多項失誤，請求接受罷免官職的責罰。
皇帝迫于公衆的輿論，追回并擱置了先前的命令，下令稍候二、三年再商議施行冊立的事。
王錫爵立即奏請皇帝迅速決定，并說“：過去嫡長子剛出生，已經頒布诏書大赦，诏書稱‘祗承宗社’，明顯地是像皇太子般待他。
現在又疑惑什麼而不決定呢？”