像衆少年盛氣攻擊皇貴妃，而陛下反倒心情愉快嗎？”奏疏呈入，皇帝點頭稱是。
趙志臯、張位也極力請求。
過了幾天，于是有了皇子出閣學習的命令。
而且皇帝下令廣購珠玉珍寶，供作出閣禮儀之物，計值為三十多萬兩。
戶部尚書楊俊民等人拿先制進行争辯，給事中王德完等人又極力勸谏。
皇帝就親手寫诏書告谕王錫爵，想改變時間。
王錫爵婉言奏請，才沒有真的改期。
第二年二月，皇子出閣的禮儀完成，一切都如同東宮的禮儀，朝廷内外為此感到安慰。
王錫爵在内閣的時候，曾經請求罷除江南的織造，停止江西的陶器貢奉，減少雲南的貢金，撥出内府的錢财赈濟河南的饑荒。
皇帝都沒有反對，寵愛之情超過前後的諸位輔臣。
他營救李沂，極力争辯不應該施行廷杖，尤其受世人稱道。
隻因為阿谀二王并封之旨意被衆人議論。
不久，郎中趙南星遭貶斥，侍郎趙用賢放逐回鄉，上疏救助的人都遭譴責或貶職，衆人都認為是王錫爵所為。
雖然他接連上奏自我表白并援救衆人，人們最終不能諒解他。
于是王錫爵屢次上奏稱病請求退休。
皇帝不想他離去，為他撥出内庫的錢修建齋戒之所，禱祈他痊愈。
王錫爵極力推辭，八次上奏皇帝才同意。
先已累次加封太子太保，至此命令他改任吏部尚書，進入建極殿，賞賜他路費，乘坐驿車，由行人護送回鄉。
回鄉七年，冊立太子，皇帝派遣官員帶着敕令向他問候，賞賜他銀币、羊、酒。
萬曆三十五年(1607)，朝廷推舉内閣大臣。
皇帝已經任用了于慎行、葉向高、李廷機，還想念王錫爵，特意加封他為少保，派遣官員去召喚他。
他多次推辭，皇帝不同意。
當時，言官鋒芒正盛，王錫爵秘密上奏竭立诋毀，其中有“皇上對奏章一概留在宮中，特别鄙夷它們，稱之為禽鳥的聲音”等話語。
言官聽說這些後大為憤恨。
給事中毅然最先彈劾他，同官胡嘉棟等人也議論不已。
王錫爵也自己關門自養，最終推辭而不赴京。
又過了三年，他在家中去世，享年七十七歲。
贈封為太保，谥号文肅。