給禮官準備禮儀，沒有答複。
朝廷的議論中有想先行加冠、完婚，後冊立的提議，沈一貫不同意，說：“沒有正名，就苟且成事，這是将儲君降為諸王。
”遇上皇帝又頗為不省悟，下令當天就舉行。
九月十八日夜晚二更的時候，頒布诏書。
最後皇帝又後悔，命令更改時間。
沈一貫封好诏書将它還給皇帝，說：“我萬死不敢奉诏。
”皇帝這才沒有中止冊立之事。
十月十五日，完成了冊立的禮儀，當時的輿論很稱道他。
遇上趙志臯在九月去世，于是沈一貫屢次奏請增添内閣大臣。
等到此時才選拔任用沈鯉、朱赓入閣，而事情都取決于沈一貫。
不久，晉升為太子太保、戶部尚書、武英殿大學士。
自從沈一貫進入内閣，朝政已經大為不同。
數年之間，礦稅使四出成為百姓的禍害。
他們誣陷、彈劾而逮捕、囚禁的人，都滞留在獄中。
吏部奏疏請求起用因為勸谏而被廢黜的各位大臣，同時考選科道官，皇帝長久壓抑奏章而不下達，朝廷内外大都觀望内閣大臣。
沈一貫等人多次勸谏，皇帝都不省悟。
而且皇帝長期不上朝廷，内閣大臣屢次奏請，都沒有答複。
沈一貫初輔政，面謝皇恩，隻見了皇帝一次。
東征與平定楊應龍，皇帝再次禦臨午門樓受理俘獲。
沈一貫奏請陪同、侍候，賜予他面陳的機會，皇帝都不同意。
皇上臣下間的隔膜很大，沈一貫雖然小有救助，但大都是在皇帝和群臣之間調和，因此他的聲望逐漸減弱。
到了萬曆三十年(1602)二月，皇太子剛完成婚禮，皇帝忽然患病。
急忙将諸位大臣召至仁德門，不久，唯獨命令沈一貫到啟祥宮後殿的西暖閣。
皇後、貴妃因病不在皇帝身邊侍候，皇太後面對南方站立而稍處皇帝之後，皇帝稍稍靠右，穿戴整齊地席地而坐，也面向南方，太子、諸王跪在跟前。
沈一貫叩頭後起身、坐定，皇帝說“：先生請上前。
我的病一天天嚴重，在位已經很久，沒有遺憾。
佳兒和佳婦托付給先生，希望輔佐他成為賢君。
礦稅的事，我因為宮殿的工程沒有完成，暫時收取它，現在可以與江南的織造、江西的陶器一起停止不再進行，所派遣的太監都下令返回京都。
法司釋放長期關押的囚犯，勸谏而被治罪的諸位大臣都恢複官職，給事中、禦史都按所奏請的補充、任用。
我隻見先生這一次了。
”說完就卧倒了。
沈一貫哭泣，太後、太子、諸王都哭泣。
沈一貫又奏請：“現在尚書多