人請求離去，請皇帝決定去留。
”皇帝留下了戶部的陳蕖、兵部的田樂，而因祖陵的要道沖決，削奪了工部楊一魁的官籍。
沈一貫再次叩首，出宮拟旨呈進。
當晚，内閣大臣和九卿都在朝房中值夜班。
半夜三更，宮中使者捧來告谕，都如皇帝對沈一貫所說的話。
諸位大臣都很高興。
第二天，皇帝的病好了，後悔此事。
宮中使者二十多人到内閣中取先前的告谕，稱礦稅不可以罷除，釋放囚犯，錄用正直的大臣都聽您裁決。
”沈一貫想不還聖谕，宦官就叩頭，幾乎流血，沈一貫惶恐就交納了聖谕。
當時吏部尚書李戴、左都禦史溫純希望馬上奉行，頒诏告知天下，刑部尚書蕭大亨則稱釋放囚犯必須再次奏請。
不久，事情變化，太仆卿南企中彈劾李戴、蕭大亨不迅速遵奉皇帝的聖谕，啟用廢黜的官吏，釋放囚犯。
皇帝惱怒，将兩件事都壓制不再施行。
當皇帝想追回成命時，司禮太監田義極力争辯。
田義勸谏更加急切，而宮中使者已經拿着沈一貫所繳納的先前的聖谕回來了。
後來田義見到沈一貫就唾棄地說“：你稍稍堅持一下，礦稅就撤除了，膽怯什麼！”從此大臣、言官上奏請求罷免礦稅使的人每天都有，皇帝皆不再聽從礦稅的禍害，于是橫行神宗一世。
皇帝自從病好了之後，政治更加廢弛。
稅監王朝、梁永、高淮等人橫征暴斂，許多奸詐的人乘機肆虐老百姓。
沈一貫與沈鯉、朱赓共同撰寫奏章加以諷谏，又曾經就事屢次争辯，并且陳述用人與行政等事，皇帝不理。
皇帝待沈一貫很好，曾經特别賜予敕令褒獎他。
沈一貫一向顧忌沈鯉，沈鯉也自以為講筵而受皇帝寵愛，不是由沈一貫引薦，不甘居其下，二人漸漸不和。
禮部侍郎郭正域以文章的氣節著稱，沈鯉很器重他。
都禦史溫純、吏部侍郎楊時喬都以清廉自持相标榜，沈一貫不喜歡他們。
遇上郭正域提議剝奪呂本的谥号，沈一貫、朱赓與呂本是同鄉，壓制了他的提議。
從此他更加厭惡郭正域以及沈鯉、溫純、楊時喬等人，而黨論逐漸興起。
浙江人與公衆議論相違逆，由沈一貫開始。
萬曆三十一年(1603)，楚府的鎮國将軍華責力攻擊楚王華奎是假王。
沈一貫收受了楚王的大量賄賂，指令通政司将此奏疏阻滞了一個多月，先呈進華奎彈劾華責力的四條欺騙的罪狀。
郭正域是楚人，很聽說了一些有關假王之事的傳聞，奏請皇帝勘探虛實以便審