定罪案。
沈一貫壓制此事。
郭正域将楚王行賄的事奏疏給皇帝，皇帝不理。
等到撫按臣一起核查以及朝廷大臣們将議論集中奏報皇帝時，沈一貫又極力袒護楚王，唆使給事中錢夢臯、楊應文彈劾郭正域，勒令他回鄉聽候勘查；華責力等人都被治罪。
郭正域登船尚未起航，而“妖書”的事情發生。
沈一貫正懷恨郭正域與沈鯉，他的黨羽康丕揚，錢夢臯等人逮捕了僧侶達觀、醫師沈令譽等人，投入監獄，竭力整治他們。
沈一貫坐中主持，指令錦衣帥王之祯與康丕揚将沈鯉的私宅大搜了三天，派兵圍困了郭正域的船，搜掠他的婢女、仆從、乳母，都沒有獲取他所要的證據。
于是将白敫生光結案。
兩件事在郭正域與楚王傳中都有記載。
開始，都禦史溫純彈劾禦史于永清和給事中姚文尉，話語稍稍涉及沈一貫。
給事中鐘兆鬥替沈一貫疏論溫純，禦史湯兆京又彈劾鐘兆鬥而認為溫純行為正直。
溫純十七次上奏請求離去，沈一貫佯裝竭力挽留溫純。
到了乙巳年(1605)，對京城和朝廷的官員全面考察。
溫純與楊時喬主持此事，錢夢臯、鐘兆鬥都在罷黜之列。
沈一貫惱怒，上奏皇帝，将京察的奏疏留在宮中。
此後很久，便将被察處的給事，禦史全部留用，并同意溫純結束仕途而離去。
因此，主事劉元珍、龐時雍，南京禦史朱吾弼極力争辯，稱統計二百多年的典制，沒有特加挽留的人。
當時南京考察的奏疏也留在宮中，後來迫于衆議才下發。
沈一貫從此不被公論所看重，彈劾一天天增多，于是他稱病不出門。
萬曆三十四年(1606)七月，給事中陳嘉訓、禦史孫居相又接連彈劾他奸詐、貪婪。
沈一貫惱恨，更加請求離去。
皇帝替他罷免了陳嘉訓，剝奪了孫居相的俸祿，同意沈一貫回鄉，沈鯉也同時被罷免。
而唯獨沈一貫得到溫和的禦旨，雖然朱赓袒護他，疏論者更加攻擊他有内援。
沈一貫進入内閣，由王錫爵、趙志臯舉薦。
輔政十三年，當政四年，與清流議論相沖突，喜歡相同的意見，厭惡不同的。
宗親、妖書、京察等三件事偏偏冒犯了天下大不韪之事，疏論者以為不齒，即使他的黨羽也因此受株連。
沈一貫回鄉，谏言諸官仍追着彈劾不止，他的鄉裡人也多受到世人的诋毀。
沈一貫在位時，加封為少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學士。
在家居住十年後去世。
贈封太傅，谥号文恭。