方從哲，字中涵，他的先祖是山東德清人。
戶籍隸屬錦衣衛，家住京城。
方從哲考取萬曆十一年(1583)的進士，授任庶吉士，多次遷官後升任國子監祭酒。
請假在家休養，長期不出任官職，當時人們頗為稱道他恬靜雅正。
大學士葉向高奏請任用他為禮部右侍郎，沒有答複。
禦旨起用他任吏部左侍郎。
被給事中李成名彈劾，請求罷職，皇帝不同意。
萬曆四十一年(1613)，任命為禮部尚書兼東閣大學士，與吳道南一起受命。
當時吳道南尚在官籍，葉向高任首輔，政事大多由葉向高裁決。
葉向高離開京都，方從哲便獨自為相。
奏請召回舊輔臣沈鯉，皇帝不同意。
禦史錢春彈劾他逢迎取悅皇上，方從哲請求罷職。
皇帝下诏好言撫慰，挽留。
不久，吳道南到來。
遇上張差遭梃擊的事件發生，刑部以瘋癫為名将他藏匿在監獄中。
王之肕搜取了情況，龐保、劉成等人的馬腳開始顯露。
方從哲與吳道南斥責王之肕言語荒謬，皇帝采納了他們的意見。
吳道南遭輿論的诋毀，多次請求辭職，後來因母親的喪事而回鄉。
方從哲又單獨任宰相，馬上上奏請求推舉、補充内閣大臣。
從此之後每月必定奏請。
皇帝認為一個人足以勝任，終究沒有增添内閣大臣。
方從哲的性格柔弱、懦腐，不能勝任大事。
當時東宮長期停止講授，瑞王的婚禮過期，惠王、桂王沒有選擇配偶，福府的莊田派宦官督促賦稅，又提議下令賣鹽，禦旨指令呂貴監督織造，驸馬王籨因為救助劉光複被剝奪冠帶，山東興起盜賊，多次出現災變，言官翟鳳罛、郭尚賓因為直言勸谏貶職，皇帝派宦官傳令工部侍郎林如楚修繕鹹安宮，宣府數月缺糧饷，方從哲都上奏極力勸谏，皇帝大都不聽。
而方從哲有内援，為名譽而争辯罷了，實際準備順從皇帝的意志，沒有匡正什麼。
葉向高執政時，黨論鼎沸。
言官與吏部相交結，指責清流派為東林黨，于是将他們全部驅逐。
等到方從哲執政，言官中已經沒有正直之人，黨論漸漸平息。
丁巳年(1616)的京察，将東林黨人全部貶斥，并波及隐居之人。
齊楚浙三黨鼎立，着力搏擊清流派。
齊人亓詩教，是方從哲的門生，勢力尤為嚣張。
方從哲親昵群小，而皇帝懈怠，荒疏也更加厲害。
京郊、山東、山西、河南、江西以及大江南北相繼報告災變，奏疏都沒下發。
舊制，給事中五十多人，禦史一百多人。
此時，六科隻有四個人，而五科的官印沒有歸屬；十三道隻有五個人，一人負責幾職。
在京城之外，巡撫一律不能代理。
六部堂的上級高員僅四、五人，都禦史數年空缺，督撫